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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白质-药物复合物模拟时添加抗衡离子"SOL"出问题了
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-药物复合物模拟时添加抗衡离子"SOL"出问题了 已有2人参与

在做蛋白质与药物复合物模拟时，添加抗衡离子这一步，选择组15“SOL”，但是报错说没有在拓扑文件里找到“SOL”分子类型：

Fatal error:
No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file 'topol.top'

但是此时的拓扑文件里是这样的：

[ system ]
; Name
LYSOZYME

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
drg                 1
SOL             10447

这是怎么回事呢？怎么解决啊？求各位大侠出手相助~~！跪谢....
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1楼 2014-01-14 17:01:16
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rantingjing

铜虫 (小有名气)
什么软件
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ll
2楼2014-01-14 18:39:16
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rantingjing at 2014-01-14 18:39:16
什么软件

GROMACS
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3楼2014-01-14 21:56:15
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-15 14:24:06
_蝶飞: 金币+1, ★有帮助 2014-01-16 11:36:47
你看看你的top文件里，有没有include进水分子的itp文件啊，是不是之前加SOL的时候，忘记生成top文件了，没更新，还是以前的
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4楼2014-01-15 13:22:52
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-15 13:22:52
你看看你的top文件里，有没有include进水分子的itp文件啊，是不是之前加SOL的时候，忘记生成top文件了，没更新，还是以前的

以前的文件都没问题，现在已经解决了，谢谢~
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5楼2014-01-15 16:41:35
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yellowcloud

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-01-15 16:41:35
以前的文件都没问题，现在已经解决了，谢谢~...

同遇此问题，请问楼主怎么解决的，不胜感激！
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6楼2014-02-28 11:00:25
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-02-28 18:20:40
引用回帖:
6楼: Originally posted by yellowcloud at 2014-02-28 11:00:25
同遇此问题，请问楼主怎么解决的，不胜感激！...

手动修改top文件，修改成正常运行完毕后的样子，就能继续往下进行了
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7楼2014-02-28 14:43:06
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yellowcloud

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-02-28 14:43:06
手动修改top文件，修改成正常运行完毕后的样子，就能继续往下进行了...

是直接在molecules里加离子名称和个数就行了？
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8楼2014-02-28 15:03:09
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢分享研究成果！ 2014-03-18 16:51:36
引用回帖:
8楼: Originally posted by yellowcloud at 2014-02-28 15:03:09
是直接在molecules里加离子名称和个数就行了？...

对的，要把数目都计算好，就可以了
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9楼2014-03-18 15:34:51
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战略核潜艇

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-03-18 15:34:51
对的，要把数目都计算好，就可以了...

手动改了top，但是和原来的gro不一致
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10楼2014-05-07 10:02:17
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