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godloveplum

金虫 (小有名气)

[求助] PT-PCR已有3人参与

我提取rna后,反转录时没有加RNA酶抑制剂和DTT,最后得到的cDNA浓度为1200多,OD值也在1.8左右,本以为这个模板是可用了,但是我在用引物PCR后,跑胶后连内参都没有条带,我一共有40个基因。第二天我又,重新选了8个基因来做,结果内参又有条带了,还是同样的模板。以前这40个基因中大多数都是P出过条带来的,但是之后就一直很难p出来了,不知道是怎么回事?老板说是我加样有问题,可是我加样已经很小心了,每次加完后都有检查,从宏观上来看,该加的都已经加了,可是为什么就一直出不来条带呢?这和加样的速度有关系吗?我加样有点慢。另外,CDNA的浓度是不是过高了呀,在网上看到有人说CDNA的浓度应该很低。可是我之前做过半定量PCR,CDNA的浓度大概在六七百左右,这样我要跑至少35个循环才有条带,在40个循环时条带才比较明显,所以这次我觉得CDNA的浓度应该比较合适,应该会有比较理想的结果,可是我pcr跑胶后,结果是很令人沮丧的,求给位专家指点呐,PCR已经困扰我好久了,我都已经研二了,时间也不多了,实验一点进展都没有,很是着急呀,请各位专家不吝赐教!非常感谢!
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Nothingisimpossibleforawillingheart!
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godloveplum

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-01-11 17:19:59
逆转录后的cDNA只有单链,反应体系里还有大量的RNA和dNTP,无法直接精确浓度,通常cDNA模板的浓度是根据逆转录时的RNA用量来推测的。不清楚你的cDNA浓度是怎么得来的。

cDNA的浓度我是直接测吸光度得来的,我的RNA浓度很低,只有几ng,RNA的吸光度一个是2.35,另一个是2.10左右吧,我测RNA浓度时,发现RNA溶解不均匀,同样的样品,在一个离心管里面的,测的结果差异很大,不管是浓度还是吸光值,不知道为什么,就是底部的浓度比上层的要大,测出来溶液上层根本就没有RNA,难道RNA很溶液沉淀?
Nothingisimpossibleforawillingheart!
4楼2014-01-12 10:43:28
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
逆转录后的cDNA只有单链,反应体系里还有大量的RNA和dNTP,无法直接精确浓度,通常cDNA模板的浓度是根据逆转录时的RNA用量来推测的。不清楚你的cDNA浓度是怎么得来的。
2楼2014-01-11 17:19:59
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
测cDNA的方法我没找到过,我们都是把RNA的量固定了,用oligo dT反转充分来确保。建议你看看你的RNA降解没,再一个是不是你反转过程中有污染造成降解。
hehe
3楼2014-01-11 19:40:05
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godloveplum

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-11 19:40:05
测cDNA的方法我没找到过,我们都是把RNA的量固定了,用oligo dT反转充分来确保。建议你看看你的RNA降解没,再一个是不是你反转过程中有污染造成降解。

我反转过程没有加酶抑制剂和DTT,我的cDNA浓度是直接测的吸光度,另外怎样根据RNA的浓度来推测才cDNA的浓度呢?
Nothingisimpossibleforawillingheart!
5楼2014-01-12 10:45:53
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