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孙远慧

木虫 (小有名气)

[求助] VASP优化几何时,ISIF=3时,如何只改变晶格,而不改变位矢方向. 已有2人参与

各位大神,我在ms建了一个立方晶系,之后用ISIF=2优化几何,发现OUTCAR里面的FORCE on cell下面的YY的值并不是负值,而是正的11点多(图一)。之后试了ISIF=3优化几何发现YY降到负的了。但是伴随产生的另一个新问题就是CONTCAR的坐标发生变化,如图(图二、三)所示。有没有人知道设置什么参数,可以只改变a,b,c的长度,而不改变各个位矢的夹角,就是原来是零的位置优化完之后还是零,但是可以改变晶胞的三个边长。希望各位大神指教!!
VASP优化几何时,ISIF=3时,如何只改变晶格,而不改变位矢方向.
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VASP优化几何时,ISIF=3时,如何只改变晶格,而不改变位矢方向.-1
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VASP优化几何时,ISIF=3时,如何只改变晶格,而不改变位矢方向.-2
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dsfgdsgsfd
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孙远慧

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 奔跑的爷们 at 2014-01-10 13:04:40
真抱歉,我今天看到您的帖子里的图片了,发现您的问题我不会,上次的回答是错误的,非常抱歉

哈哈,没事没事,还是多谢帮忙哈~
dsfgdsgsfd
9楼2014-01-10 16:30:02
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kjsun

木虫 (正式写手)

★ ★
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2014-01-17 13:52:49
vasp 书上的例子稍微变通一下就能满足你的要求。
对比vasp的例子,仔细看下面的变化

rm WAVECAR
for i in 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1
do
cat >POSCAR <<!
fcc:
   1         
$i 0.0 0.0
0.0 3.7 0.0
0.0 0.0 3.7
   1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; vamp
E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc
11楼2014-01-17 09:16:31
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普通回帖

奔跑的爷们

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
孙远慧: 金币+2, 有帮助 2014-01-10 09:28:04
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-10 11:17:24
我这里网有点问题,看不到你的图片,但是我想正的11点多,是因为你的真空层取的是12A,11点多是因为模型的周期性导致的,并没有问题
这家伙太懒了,什么都没有填……
2楼2014-01-09 11:24:36
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孙远慧

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 奔跑的爷们 at 2014-01-09 11:24:36
我这里网有点问题,看不到你的图片,但是我想正的11点多,是因为你的真空层取的是12A,11点多是因为模型的周期性导致的,并没有问题

现在呢? 第一张图就是FORCE  on cell 里面YY竖行和 in total横行对应的值是11点多,第二张到第三张的是
——————————————————————————
20.000000000   0.000000000    0.000000000
0.000000000  45.000000000    0.000000000
0.000000000   0.000000000    7.571900000
——————————————————————————
变成图三
——————————————————————————
19.1459010205  -0.007219492  0.0378856652
-0.0141628126 45.608278082  0.0187786055
0.01463468126  0.031684302  7.5643364137
——————————————————————————
我想让图二中20 45 7.5719这三个数据变化,而原来是零的不变化,该添加什么参数啊?
VASP优化几何时,ISIF=3时,如何只改变晶格,而不改变位矢方向.-3
2014-01-09_11-59-19.jpg

dsfgdsgsfd
3楼2014-01-09 12:09:31
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孙远慧

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 奔跑的爷们 at 2014-01-09 11:24:36
我这里网有点问题,看不到你的图片,但是我想正的11点多,是因为你的真空层取的是12A,11点多是因为模型的周期性导致的,并没有问题

我试过真空层到30A的都没什么效果,应该不是这个问题。
dsfgdsgsfd
4楼2014-01-09 12:11:48
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kjsun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
孙远慧: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-10 09:28:20
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2014-01-10 11:17:44
如果你看过vasp的源程序,就知道如果不改源程序的话,是不可能只改变边长,不改变角度的。原因是ISIF=3相对于ISIF=0,是将晶格参数的9个变量作为和原子坐标一样的参数并列,然后优化。也就是他们和原子坐标等同,这样他就有额外的9个独立的自由度。你要的是限制某些自由度(角度),vasp里面是没有类似的限制的。
解决办法,
1 (推荐). 如果想只改变边长不改变角度,最好的办法应该是写个小脚本,脚本的写法看vasp手册最后。
2. (不推荐),改变源程序,找到你的用的算法那部分就是IBRION=1or 2or3 对应的脚本部分,加入你的限制条件,重新编译。
5楼2014-01-09 12:26:26
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孙远慧

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by kjsun at 2014-01-09 12:26:26
如果你看过vasp的源程序,就知道如果不改源程序的话,是不可能只改变边长,不改变角度的。原因是ISIF=3相对于ISIF=0,是将晶格参数的9个变量作为和原子坐标一样的参数并列,然后优化。也就是他们和原子坐标等同,这 ...

是110页那个吗?脚本能控制在计算过程中只改变20 45 7.5719这三个值的大小,而不改变其余六个的值吗?不需要成比例变化,我只要保证还是原来的立方晶系就行。能不能麻烦你给我发一个满足要求的脚本,或者告诉我在书上多少页?syh5852767@163.com,谢了。。
dsfgdsgsfd
6楼2014-01-10 10:40:25
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kjsun

木虫 (正式写手)


sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-17 13:52:36
引用回帖:
6楼: Originally posted by 孙远慧 at 2014-01-10 10:40:25
是110页那个吗?脚本能控制在计算过程中只改变20 45 7.5719这三个值的大小,而不改变其余六个的值吗?不需要成比例变化,我只要保证还是原来的立方晶系就行。能不能麻烦你给我发一个满足要求的脚本,或者告诉我在书 ...

现在有网络,我好久不看书了,不知道多少页。
脚本参照这个例子
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node174.html
7楼2014-01-10 12:09:15
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奔跑的爷们

银虫 (正式写手)

真抱歉,我今天看到您的帖子里的图片了,发现您的问题我不会,上次的回答是错误的,非常抱歉
这家伙太懒了,什么都没有填……
8楼2014-01-10 13:04:40
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孙远慧

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by kjsun at 2014-01-10 12:09:15
现在有网络,我好久不看书了,不知道多少页。
脚本参照这个例子
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node174.html...

这个是让abc按比例变化的,而且是在计算之前就变化好坐标。我想要的是初试设定好坐标之后,在计算过程中改变abc的值(不管是不是按比例都行),而其余六个量不变仍为零。请问还有没有别的办法了?方法二是不是可以?
dsfgdsgsfd
10楼2014-01-16 22:05:48
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