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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问哪里可以找到多氯联苯的分子立场文件
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29050801

新虫 (小有名气)

[求助] 请问哪里可以找到多氯联苯的分子立场文件 已有1人参与

计算用到NAMD
大分子立场已经构建出来了，但是小分子的力场文件还不知道在哪里能够找到
请问哪里可以找到这种小分子的力场

顺便问个很小白的问题
小分子和大分子力场是不是可以整合到一起然后生成psf文件盒pdb文件呢？

谢谢！
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1楼 2013-12-30 11:24:32
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2013-12-31 16:36:17
29050801: 金币+8, 谢谢！ 2013-12-31 20:01:57
对于NAMD来说小分子力场这是个大问题，如果分子结构能常用的氨基酸中找到还能改，但是多氯联苯估计就不行啦。
建议你换amber用吧，还能构建出小分子力场。
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2楼2013-12-30 12:17:08
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lyfxie8607 at 2013-12-30 12:17:08
对于NAMD来说小分子力场这是个大问题，如果分子结构能常用的氨基酸中找到还能改，但是多氯联苯估计就不行啦。
建议你换amber用吧，还能构建出小分子力场。

带我的师兄说我用的环糊精的力场只能用charmm
然后让我用namd
不知道其他的力场能用么
先看一下
谢谢！
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3楼2013-12-31 20:02:54
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