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熙玥

新虫 (初入文坛)

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在线: 50.3小时
虫号: 1357588

[交流] 已知CDS，求启动子序列

请教各位大虾，梅基因组测序已完成，我现在根据其数据库克隆得到该一个基因的完整CDS，然后准备克该基因的上游启动子区，我直接用CDS和基因组数据对比，发现与其中的一条染色体的E值为0 ，但是出现了以下情况，5'和3'出现颠倒的现象，即ATG 的位置在TGA后，我就不确定用这种方法找的启动子对不对？
急！急！急！

已知CDS，求启动子序列

1.PNG

已知CDS，求启动子序列-1

2.PNG

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1楼 2013-12-25 23:49:29

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Neo2000

木虫 (著名写手)

应助: 639 (博士)
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帖子: 1700
在线: 269.3小时
虫号: 322365

你看到的可能是互补序列，向右找应该没错

[ 发自小木虫客户端 ]

9楼2014-04-12 07:35:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 9 个回答

yuyin

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1281.1
帖子: 70
在线: 104.8小时
虫号: 295914

★ ★ ★ ★ ★
熙玥: 金币+5, 谢谢，试着做了一下，出来了！ 2014-03-19 16:03:05

你可以取ATG上游1000，下游200此区域进行克隆（一般基因启动子区都在此范围内），你这个对应的基因组是反向的，如果是11736728开始的话，那么你所需克隆的区域为：11737728-11736528

赞一下(1人)

8楼2014-03-19 15:59:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

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kiss200855372楼

2013-12-26 00:07 回复

熙玥(金币+1): 谢谢参与

！ [ 发自小木虫客户端 ]

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