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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 转基因 » 已知CDS，求启动子序列
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熙玥

新虫 (初入文坛)

[交流] 已知CDS，求启动子序列

请教各位大虾，梅基因组测序已完成，我现在根据其数据库克隆得到该一个基因的完整CDS，然后准备克该基因的上游启动子区，我直接用CDS和基因组数据对比，发现与其中的一条染色体的E值为0 ，但是出现了以下情况，5'和3'出现颠倒的现象，即ATG 的位置在TGA后，我就不确定用这种方法找的启动子对不对？
急！急！急！
已知CDS，求启动子序列
1.PNG


已知CDS，求启动子序列-1
2.PNG
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1楼 2013-12-25 23:49:29
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Neo2000

木虫 (著名写手)
你看到的可能是互补序列，向右找应该没错

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9楼2014-04-12 07:35:11
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yuyin

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
熙玥: 金币+5, 谢谢，试着做了一下，出来了！ 2014-03-19 16:03:05
你可以取ATG上游1000，下游200此区域进行克隆（一般基因启动子区都在此范围内），你这个对应的基因组是反向的，如果是11736728开始的话，那么你所需克隆的区域为：11737728-11736528
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8楼2014-03-19 15:59:11
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kiss200855372楼
2013-12-26 00:07   回复  
熙玥(金币+1): 谢谢参与
！ [ 发自小木虫客户端 ]
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