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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[交流] 关于引物的基本概念

做分子也有一段时间了，可是今天突然恍惚了，发现自己很多最基本的概念都搞不清出，上网查，发现也很混乱，关于引物的一些概念，请各位大虾指点：
1、上游引物、正向引物、正义引物是不是同一概念？
2、有人说“上游引物与正向序列也就是正义链的序列是相同的，下游引物与正义链反相互补及与反义链相同。”可是我还查到有说“与mRNA相同的引物为正义引物，而与其互补的是反义引物。”这两种说法正好相反吧，究竟哪个是对的？

还有今天看到一个很早之前别人发的帖子，问题最终没有解决，在这里各位大神讨论一下吧：
如果设计一个引物与模板链互补（注意不是反向互补），那么它能与模板链结合，并完成延伸吗？
举个例子：模板链：5'-ACTTGACGTGCATCG
引物（随便写的，仅供分析该例）5'-CTGCACGT
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1楼 2013-12-25 15:29:41
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)
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gyesang: 回帖置顶 2014-01-29 16:20:27
1、上游引物、正向引物、正义引物是同一概念
英文名叫: forward and Reverse primer
               sense and anti-sense primer
               Upper and Lower primer
这些说法都是正确的

2、有人说“上游引物与正向序列也就是正义链的序列是相同的，下游引物与正义链反相互补及与反义链相同。”可是我还查到有说“与mRNA相同的引物为正义引物，而与其互补的是反义引物。”这两种说法正好相反吧，究竟哪个是对的？
所谓正义链就是与mRNA序列（U替换为T）相同的DNA链为正义链或者有义链，所以两个说法是同一个意思，没有相反的意思在里面

3、如果设计一个引物与模板链互补（注意不是反向互补），那么它能与模板链结合，并完成延伸吗？
举个例子：模板链：5'-ACTTGACGTGCATCG
引物（随便写的，仅供分析该例）5'-CTGCACGT

互补的序列在哪里呢？请明示
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7楼2013-12-26 15:10:50
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sj082csh

银虫 (小有名气)
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柠檬可乐星: 金币+3 2013-12-26 14:59:39
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-26 15:03:47
1、一般都以mRNA为基准，而且引物的方向为5’→3'，引物若与mRNA序列相同，即在正义链（就DNA来说，也叫编码链）上，则是正向引物，而反向引物与mRNA序列是反向互补的，在反义链上（就DNA来说，也叫模板链）；你说的这几个名称应是同一概念；
2、“与mRNA相同的引物为正义引物，而与其互补的是反义引物”这一句的后半句应该是漏掉了反向两字，应是“反向互补”
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2楼2013-12-25 17:46:29
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
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柠檬可乐星: 金币+2 2013-12-26 14:59:22
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-26 15:03:55
我没弄清楚你到底在纠结什么。
1. 应该是相同的。
2. 你说的两个说法都是对的。正义链有基因编码信息，与mRNA的序列相同，转录时不作为模板。反义链与正义链反向互补，转录mRNA的模板链。上游引物或者正义引物是与mRNA序列一致的，它在PCR扩增时是与反义链配对。
你举的例子有问题，无法做分析。
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3楼2013-12-26 03:54:18
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
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柠檬可乐星: 金币+1 2013-12-26 14:59:16
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-26 15:04:01
上游引物不清楚，我想是在基因正义链上游
正义链序列与mRNA序列一致，模板链是负链。Forward引物扩增出正链，Reverse引物扩增出负链。
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5楼2013-12-26 13:58:19
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
给位大侠的讲解很清楚了，我想我已经明白了，但还是想最后确定一下，传的图是我在网上看到的，他很肯定的说是从教科书上总结来的，但现在看来应该是错误的吧，请大虾们再帮我确定下
关于引物的基本概念
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6楼2013-12-26 15:02:53
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-26 15:10:50
1、上游引物、正向引物、正义引物是同一概念
英文名叫: forward and Reverse primer
               sense and anti-sense primer
               Upper and Lower primer
这些说法都是正确的

2、有人说“上 ...

关于第3个问题，好像是我搞错了，例子举得不恰当，我以为引物序列5'-CTGCACGT和模板链从5'端第5个碱基开始是互补关系呢
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8楼2013-12-26 16:29:09
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)
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引用回帖:
8楼: Originally posted by 柠檬可乐星 at 2013-12-26 16:29:09
关于第3个问题，好像是我搞错了，例子举得不恰当，我以为引物序列5'-CTGCACGT和模板链从5'端第5个碱基开始是互补关系呢...

方向错误，没有5‘和5’互补的
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9楼2013-12-27 00:32:12
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-27 00:32:12
方向错误，没有5‘和5’互补的...

您说的是反向互补吧？
比如5'-ATTGC
它的互补链不是5'-TAACG吗？
反向互补才是5’-GCAAT吧？
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10楼2013-12-27 08:53:52
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gyesang

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引用回帖:
10楼: Originally posted by 柠檬可乐星 at 2013-12-27 08:53:52
您说的是反向互补吧？
比如5'-ATTGC
它的互补链不是5'-TAACG吗？
反向互补才是5’-GCAAT吧？...

互补链是3'-TAACG 好吧
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11楼2013-12-27 14:56:14
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sjmr12214楼
2013-12-26 08:22   回复  
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