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diamond画氢键已经有0人回复

1楼2013-12-25 11:51:47

lyfxie8607

木虫 (著名写手)

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软件分析，不能自己画的。
如果是pdb文件的话，用Discovery Studio看，里面有帮忙分析氢键的工具。

2楼2013-12-26 09:00:57

wekow

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3楼2013-12-26 11:21:11

等待蝉唱

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2楼: Originally posted by lyfxie8607 at 2013-12-26 09:00:57
软件分析，不能自己画的。
如果是pdb文件的话，用Discovery Studio看，里面有帮忙分析氢键的工具。

那我在画图时怎么体现出有氢键呢？

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4楼2013-12-26 20:55:25

等待蝉唱

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3楼: Originally posted by wekow at 2013-12-26 11:21:11
一般情况下用虚线画氢键。

那在用MS画图时怎么画呢

[ 发自小木虫客户端 ]

5楼2013-12-26 20:57:09

lyfxie8607

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引用回帖:

4楼: Originally posted by 等待蝉唱 at 2013-12-26 20:55:25
那我在画图时怎么体现出有氢键呢？
...

一般是虚线，如果软件确定有氢键存在会将氢键供体的原子和氢键受体的原子连接起来。

6楼2013-12-26 21:13:34

ningll10

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如果有PDB文件或其他格式的坐标文件的话，可以直接在VMD中画出来，VMD是开源的，直接下。graphics-representation-drawing method-hbond,可以手动调氢键的距离和角度，颜色和宽度也可以调整。

7楼2013-12-26 22:12:52

等待蝉唱

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6楼: Originally posted by lyfxie8607 at 2013-12-26 21:13:34
一般是虚线，如果软件确定有氢键存在会将氢键供体的原子和氢键受体的原子连接起来。...

意思是软件会自动的把氢键添上的？？？

8楼2013-12-27 13:33:32

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7楼: Originally posted by ningll10 at 2013-12-26 22:12:52
如果有PDB文件或其他格式的坐标文件的话，可以直接在VMD中画出来，VMD是开源的，直接下。graphics-representation-drawing method-hbond,可以手动调氢键的距离和角度，颜色和宽度也可以调整。

这个，不懂啊

9楼2013-12-27 13:44:03

ningll10

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-03 17:02:04

引用回帖:

9楼: Originally posted by 等待蝉唱 at 2013-12-27 13:44:03
这个，不懂啊...

就是装一个VMD软件，按照我说的操作，就可以了

10楼2014-01-03 15:47:48