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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助引物设计：前前后后三次都有问题，请大神帮帮忙…………感激不尽
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级
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9楼: Originally posted by woshishui916 at 2013-12-22 19:56:54
你好像是学临床的吧？

外科的，在读博。
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thest
11楼2013-12-22 20:01:28
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woshishui916

木虫 (著名写手)
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10楼: Originally posted by 肖thest at 2013-12-22 20:01:11
好的，我就直接合成引物了，谢谢您，然后pcr之后测序。我前面自己设计的结果blast都还不错，但是退火温度从45-65℃摸，就是不行。因为刚才用您的引物blast没成功，不知道是不是我哪里弄错了。...

但有一点哦，你上面给的是基因组序列就没问题。一般情况下不怎么用blast；不会有问题；
单如果你给的cDNA或者mRNA之类的，就不行哦。
要是你扩增不出来，告诉我下，我给你个程序，基本没问题。
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12楼2013-12-22 20:04:18
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woshishui916

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

还有啊，你可以把你设计的引物发下，我看看，指不定你不用重新合成。别浪费40块钱哈
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13楼2013-12-22 20:05:30
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级
引用回帖:
9楼: Originally posted by woshishui916 at 2013-12-22 19:56:54
你好像是学临床的吧？

您看我的用primer blast和blastn的结果
求助引物设计：前前后后三次都有问题，请大神帮帮忙…………感激不尽
QQ图片20131222200412.jpg


求助引物设计：前前后后三次都有问题，请大神帮帮忙…………感激不尽-1
QQ图片20131222200457.jpg


求助引物设计：前前后后三次都有问题，请大神帮帮忙…………感激不尽-2
QQ图片20131222200546.jpg
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thest
14楼2013-12-22 20:06:50
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woshishui916

木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 肖thest at 2013-12-22 20:01:28
外科的，在读博。...

我想想就是
慢慢来，既然你选了分子，有问题的时候，刚好我空，可以给我站内信，你我这么盖楼，很不礼貌的了
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15楼2013-12-22 20:07:03
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级
引用回帖:
13楼: Originally posted by woshishui916 at 2013-12-22 20:05:30
还有啊，你可以把你设计的引物发下，我看看，指不定你不用重新合成。别浪费40块钱哈

第一对：
F1(20bp)：GACGGATCTCTCTCCGACCT
R1（21bp）：CTTCACCAGCTCCATGTCGAT
第二对：
F1：GCGCCCATCTAGGTTATTTCCG
R1：CCAGCCAGTTTCTTCTGCCAGTC
常规的设计的过程我都懂，这个基因把我搞的头都大
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thest
16楼2013-12-22 20:09:13
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woshishui916

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
16楼: Originally posted by 肖thest at 2013-12-22 20:09:13
第一对：
F1(20bp)：GACGGATCTCTCTCCGACCT
R1（21bp）：CTTCACCAGCTCCATGTCGAT
第二对：
F1：GCGCCCATCTAGGTTATTTCCG
R1：CCAGCCAGTTTCTTCTGCCAGTC
常规的设计的过程我都懂，这个基因把我搞的头都大...

不盖楼了哈
给你站内消息了
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17楼2013-12-22 20:19:13
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级
引用回帖:
17楼: Originally posted by woshishui916 at 2013-12-22 20:19:13
不盖楼了哈
给你站内消息了...

好的。问一句，如果用你的引物是不是按照常规的也可以？
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thest
18楼2013-12-22 20:28:19
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woshishui916

木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 肖thest at 2013-12-22 20:28:19
好的。问一句，如果用你的引物是不是按照常规的也可以？...

你这个基因扩增难度在于buffer；和引物关系不是特别大；
我上面的引物没有了你单条引物的而具体，彼此的Tm比较接近；从参数来说，会好一些。
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19楼2013-12-22 20:31:30
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肖thest

木虫 (小有名气)

神级
引用回帖:
19楼: Originally posted by woshishui916 at 2013-12-22 20:31:30
你这个基因扩增难度在于buffer；和引物关系不是特别大；
我上面的引物没有了你单条引物的而具体，彼此的Tm比较接近；从参数来说，会好一些。...

好的，那我买GC高的buffer基本上没问题吧，您说的条件我们实验室很难，只有一台普通pcr仪器
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thest
20楼2013-12-22 20:36:32
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