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yuanmuqiuyu木虫 (小有名气)
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如何计算分子间的静电力
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请教各位模拟的高手：如何计算分子间的静电力？PME算法是如何实现的？ 新手急切！ |
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yuanmuqiuyu
木虫 (小有名气)
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3楼2008-01-02 22:27:31
alwens
铁杆木虫 (正式写手)
老木虫
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- 专业: 药物设计与药物信息
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csfn(金币+3,VIP+0):thanks 化学活动周发帖有奖~
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一般比较精确的是通过解PB（泊松-波尔兹曼）方程进行计算， 泊松方程是根据静电学基本原理库仑定律而来， 波尔兹曼分布用来考虑统计效应，既粒子在原点周围半径r处的电荷密度。 PB方程的求解常用有限差分法（FDPB），比较代表性的软件是Delphi，Grasp和UHBD等。 APBS是目前使用和维护比较多的软件，它使用的是有限元法求解PB（FEPB），据说有较高的精度和较快的速度。Pymol和VMD中都有集成了APBS的插件。 在这里可以找到一些简单的示例： http://apbs.sourceforge.net/doc/tutorial/index.html#id905125 更详细的内容参见分子模拟黑宝书：） |
2楼2008-01-02 12:59:12