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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 如何计算分子间的静电力
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yuanmuqiuyu

木虫 (小有名气)

[交流] 如何计算分子间的静电力

请教各位模拟的高手：如何计算分子间的静电力？PME算法是如何实现的？ 新手急切！
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1楼 2008-01-02 11:18:56
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫
★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):thanks 化学活动周发帖有奖~
一般比较精确的是通过解PB（泊松-波尔兹曼）方程进行计算，
泊松方程是根据静电学基本原理库仑定律而来，
波尔兹曼分布用来考虑统计效应，既粒子在原点周围半径r处的电荷密度。
PB方程的求解常用有限差分法（FDPB），比较代表性的软件是Delphi，Grasp和UHBD等。
APBS是目前使用和维护比较多的软件，它使用的是有限元法求解PB（FEPB），据说有较高的精度和较快的速度。Pymol和VMD中都有集成了APBS的插件。

在这里可以找到一些简单的示例：
http://apbs.sourceforge.net/doc/tutorial/index.html#id905125
更详细的内容参见分子模拟黑宝书：）
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万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓？
2楼2008-01-02 12:59:12
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yuanmuqiuyu

木虫 (小有名气)
万分感谢，如黑暗中看到明灯
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3楼2008-01-02 22:27:31
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