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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求教radius of gyration(回转半径)相关的问题，谢谢各位虫友！
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 求教radius of gyration(回转半径)相关的问题，谢谢各位虫友！

小弟知道MS可以用forcite或discover算出一个分子的radius of gyration，但是我想从MS中输出radius of gyration 随模拟时间变化的文件，不知道各位虫友有什么办法，比如pearl script编程什么的，小弟不甚感激！

[ Last edited by xiaoke413 on 2013-12-19 at 11:46 ]
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1楼 2013-12-19 11:45:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-20 16:07:02
xiaoke413(月只蓝代发): 金币+30, 感谢指导！ 2014-05-31 21:14:22
月只蓝: 应助指数+1 2014-05-31 21:14:43
peal肯定可以
印象中help里有peal的例子
对于做很多重复性计算很方便


不过貌似radius of gyration还不需要peal
看图
xtd文件导入空白study table
运行QSAR
有radius of gyration的计算
求教radius of gyration(回转半径)相关的问题，谢谢各位虫友！
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xiaoke413
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-12-20 13:53:42
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-12-20 13:53:42
peal肯定可以
印象中help里有peal的例子
对于做很多重复性计算很方便


不过貌似radius of gyration还不需要peal
看图
xtd文件导入空白study table
运行QSAR
有radius of gyration的计算
...

感谢您的回答，为什么我不能给你金币啊？
通过您的方法，我把体系导入到study table中了，不过运行失败，可能是因为我的体系是一个含有聚合物和水分子的二元体系，我得怎么样才能在study table中标记处聚合物呢？因为我想在算聚合物的ROG
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3楼2013-12-23 09:05:22
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiaoke413(月只蓝代发): 金币+20, 感谢指导！ 2014-05-31 21:14:38
月只蓝: 应助指数+1 2014-05-31 21:14:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoke413 at 2013-12-23 09:05:22
感谢您的回答，为什么我不能给你金币啊？
通过您的方法，我把体系导入到study table中了，不过运行失败，可能是因为我的体系是一个含有聚合物和水分子的二元体系，我得怎么样才能在study table中标记处聚合物呢？ ...

确实我也没计算出来。。。

我是在无定型晶胞放的2个小分子。。。
提示不支持周期性结构计算。。。。


这样你只能用forcite计算了。。。。
把xtd导入table
一个个结构复制出来计算。。。
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xiaoke413
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2013-12-23 10:07:09
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xiaoke413

至尊木虫 (知名作家)
送红花一朵
月只蓝: 如需代发金币给应助者，请联系版主，并写明金币数量。 2013-12-23 16:15:50
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2013-12-23 10:07:09
确实我也没计算出来。。。

我是在无定型晶胞放的2个小分子。。。
提示不支持周期性结构计算。。。。


这样你只能用forcite计算了。。。。
把xtd导入table
一个个结构复制出来计算。。。...

谢谢你的帮忙，这种方法虽然比较麻烦，但还是有用的，谢谢了~
不知道为什么金币好像给不了你，再给你一朵红花，真心感谢~
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5楼2013-12-23 11:34:01
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-23 16:15:08
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoke413 at 2013-12-23 11:34:01
谢谢你的帮忙，这种方法虽然比较麻烦，但还是有用的，谢谢了~
不知道为什么金币好像给不了你，再给你一朵红花，真心感谢~...

没事。。。拿不准答案的我不点应助的。。。
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2013-12-23 13:46:15
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S-Loser

新虫 (正式写手)
师兄，可以教教我吗

发自小木虫Android客户端
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7楼2019-06-19 10:51:59
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