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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 用扩增cDNA的引物扩增基因组DNA
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wcj668899

至尊木虫 (文坛精英)

教师

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
原理需要进一步吃透！
祝你成功！！
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抓紧努力，狠抓重点，省时高效，再创辉煌。
11楼2013-12-12 06:47:15
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竹子小小

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 摩羯的心 at 2013-12-11 16:19:48
除了模板浓度不一样，其他的条件都一样，请问基因组PCR中模板的量一般是多少，我一般都是加入2ul，模板浓度一般为多少啊...

不知道你的是什么东西，我的是水稻的，每次10ul加0.5,不知道是多少浓度。
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12楼2013-12-12 10:10:54
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Genseer

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 摩羯的心 at 2013-12-11 17:11:29
但就算是引物跨内含子那不是也只会扩增到的目的条带比理论上的片段长，也不会出现这么多条杂带吧？还有我扩增到的目的条带测序后与设计引物所用的mRNA序列相似性为99%，那这样是不是说明，这个基因没有内含子呢？...

理论上，可能扩增不出目的条带，因为引物位置正好跨内含子和外显子区域。如果测序结果证明是目的条带，而且模板是纯的基因组DNA，说明引物的位置没有跨内含子和外显子区域。最后，相似性只有99%，是否说明目的基因并非单拷贝呢？
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13楼2013-12-12 11:13:13
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-12 02:19:09
是的。一般设计RT-PCR时的引物会设计在不同外显子里，这样很容易区分gDNA扩增产物和cDNA扩增产物。
引物特异性好不好不仅和引物有关，也和扩增的模板有关。设计引物时一般要根据模板来blast。此外，PCR条件控制不 ...

我还想问一下怎么对引物进行blast呀？谢谢
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14楼2013-12-12 14:38:03
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 摩羯的心 at 2013-12-12 14:38:03
我还想问一下怎么对引物进行blast呀？谢谢...

NCBI上就有，把引物序列输入进去，根据物种选择适当的数据库。
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15楼2013-12-12 16:19:51
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牛牛和虫虫

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
模板问题吧。尤其是那些没有扩出条带的
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16楼2013-12-13 13:34:33
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

如果DNA扩增中有较大内含子，DNA和cDNA的扩增片段长度不一样，扩增效率不同，怎么能用同样条件PCR？
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17楼2013-12-14 12:27:08
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2013-12-14 12:27:08
如果DNA扩增中有较大内含子，DNA和cDNA的扩增片段长度不一样，扩增效率不同，怎么能用同样条件PCR？

经过有的用基因组能扩出来的目的片段测序比对后，序列与用cDNA扩出来的序列是一样的，那应该就是这一段没有内含子吧？
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18楼2013-12-14 16:15:15
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匿名

用户注销 (著名写手)
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19楼2018-11-28 21:56:50
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