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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 机器配置的选择，谢谢各位大神
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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8楼: Originally posted by wuy069 at 2013-12-10 08:50:05
觉得你这么算总运行频率不咋合理，还是不要从这方面考虑。
E5-2650 v2 (20M cache, 8 Cores, 16 Threads, 2.60 GHz (95W) 8.00 GT/sec Intel® QPI, 22nm) $1,166
E5-2643 v2 (25M cache, 6 Cores, 12 Thr ...

非常感谢你的建议 但是 高斯的并行真心不咋地 核心少一些 单核心运算能力强一些 似乎更符合需求吧 敬请指教
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11楼2013-12-10 14:00:21
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9楼: Originally posted by abdoman at 2013-12-10 09:40:53
我也比较赞成7楼的 3个E5-2680 v2
主频高, 缓存大！

可是 老A头啊 高斯的并行真心不咋地 核心少一些 单核心运算能力强一些 似乎更符合需求吧 敬请指教


师兄出国了，留给我们的机器有八个节点（原有部队）
(1) 守备部队，用于低烈度小型战斗任务
两个国土守备师：每个节点两颗至强E5504(2*4*2.00G, L2:1M, L3:4M)，16G内存，500G硬盘，DDRIII-800
四个战区治安师：每个节点两颗至强E5410(2*4*2.33G, L1:256K, L2:12M)，16G内存，500G硬盘，DDRIII-1333
(2)二线战斗部队：用于中烈度中小型战斗任务
两个轻装摩步师：每个节点两颗至强E5-2430(2*6*2.20G, L3:15M)，16G内存，500G硬盘，DDRIII-1333，打算近期升级到32G内存，1T硬盘

我们打算购买六个新节点（扩军计划）
(1)快速反应部队：用于高烈度中小型战斗任务，突出单核计算能力，用于避开高斯并行效率的不给力
两个轻装快反师：每个节点两颗至强E5-2637v2(2*4*3.50G, L3:15M)，32G内存，1T硬盘，DDRIII-1600
(2)主力攻坚部队：用于高烈度大型战斗任务
两个重装机步师：每个节点两颗至强E5-2643v2(2*6*3.50G, L3:25M)，32G内存，1T硬盘，DDRIII-1600
两个皇家近卫师：每个节点两颗至强E5-2680v2(2*10*2.80G, L3:25M)，64G内存，1T硬盘，DDRIII-1600

一个集团军军部：不再由服务器兼任主节点的任务，而是由一个新的台式机担任主节点任务，有一颗AMD闪龙190(2*2.5G, L1:256K, L2:1M)，4G内存，1T硬盘，DDRIII-1333，对内千兆网卡，对外普通网卡，配15.6寸小显示器，笔记本型小键盘和鼠标
一个通讯保障部：用一台16口千兆交换机替换原先的8口千兆交换机；本来就已经有了8条千兆网线了，现在再买7条千兆网线。至于KVM之类，实在没钱了
集团军后勤部：拉一条至少15安培的供电线路过来，最好加到40安培以上，为以后的继续扩容预留空间

这个集团军主要进行的战斗任务：
至少60%以上的机时，以雇佣军的形式给实验化学打工，单个计算任务动辄3000基函数以上，用DFT及其各种衍生方法。
以单节点内并行计算为主要模式。迫不得已可以用两个节点并行

[ Last edited by yjcmwgk on 2013-12-10 at 14:35 ]
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12楼2013-12-10 14:01:08
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wuy069

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11楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-12-10 14:00:21
非常感谢你的建议 但是 高斯的并行真心不咋地 核心少一些 单核心运算能力强一些 似乎更符合需求吧 敬请指教...

嗯，小卒的理解正确，对于gaussian就这样。如果作业任务多，建议买核多的。如果不差机时，就想计算速度快，那就用B方案。具体用哪个方案得看自己的情况。
最好能说服卖服务器的，可以提供给你测试的机器，这样你就能比较了。
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13楼2013-12-10 14:12:44
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13楼: Originally posted by wuy069 at 2013-12-10 14:12:44
嗯，小卒的理解正确，对于gaussian就这样。如果作业任务多，建议买核多的。如果不差机时，就想计算速度快，那就用B方案。具体用哪个方案得看自己的情况。
最好能说服卖服务器的，可以提供给你测试的机器，这样你就 ...

这是我的“扩军计划”，要不，你给瞅瞅？

师兄出国了，留给我们的机器有八个节点（原有部队）
(1) 守备部队，用于低烈度小型战斗任务
两个国土守备师：每个节点两颗至强E5504(2*4*2.00G, L2:1M, L3:4M)，16G内存，500G硬盘，DDRIII-800
四个战区治安师：每个节点两颗至强E5410(2*4*2.33G, L1:256K, L2:12M)，16G内存，500G硬盘，DDRIII-1333
(2)二线战斗部队：用于中烈度中小型战斗任务
两个轻装摩步师：每个节点两颗至强E5-2430(2*6*2.20G, L3:15M)，16G内存，500G硬盘，DDRIII-1333，打算近期升级到32G内存，1T硬盘

我们打算购买六个新节点（扩军计划）
(3)快速反应部队：用于高烈度中小型战斗任务
两个轻装快反师：每个节点两颗至强E5-2637v2(2*4*3.50G, L3:15M)，32G内存，1T硬盘，DDRIII-1600
(4)主力攻坚部队：用于高烈度大型战斗任务
两个重装机步师：每个节点两颗至强E5-2643v2(2*6*3.50G, L3:25M)，32G内存，1T硬盘，DDRIII-1600
两个皇家近卫师：每个节点两颗至强E5-2680v2(2*10*2.80G, L3:25M)，64G内存，1T硬盘，DDRIII-1600

一个集团军军部：不再由服务器兼任主节点的任务，而是由一个新的台式机担任主节点任务，有一颗AMD闪龙190(2*2.5G, L1:256K, L2:1M)，4G内存，1T硬盘，DDRIII-1333，对内千兆网卡，对外普通网卡，配15.6寸小显示器，笔记本型小键盘和鼠标
一个通讯保障部：用一台16口千兆交换机替换原先的8口千兆交换机；本来就已经有了8条千兆网线了，现在再买7条千兆网线。至于KVM之类，实在没钱了

[ Last edited by yjcmwgk on 2013-12-10 at 14:20 ]
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14楼2013-12-10 14:15:33
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polypro

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直接上2687w,想多干甚
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
15楼2013-12-10 14:35:28
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wuy069

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14楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-12-10 14:15:33
这是我的“扩军计划”，要不，你给瞅瞅？

师兄出国了，留给我们的机器有八个节点（原有部队）
(1) 守备部队，用于低烈度小型战斗任务
两个国土守备师：每个节点两颗至强E5504(2*4*2.00G, L2:1M, L3:4M)， ...

每个节点的配置都合理；目标明确，那就干吧。你们课题组做理论的少吧，这么多资源，；也有显摆的嫌疑。

我们课题组同一批次一般都买一样的配置。挺有才啊，每个节点队列取名。自己懒得起名，就是普通节点，infiniband节点，大内存节点。

你们的主节点（管理节点）得说下，如果要编译其他程序还是换个低配的至强CPU；管理节点硬盘有点小，可以采用阵列卡组raid。
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16楼2013-12-10 15:00:51
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16楼: Originally posted by wuy069 at 2013-12-10 15:00:51
每个节点的配置都合理；目标明确，那就干吧。你们课题组做理论的少吧，这么多资源，；也有显摆的嫌疑。

我们课题组同一批次一般都买一样的配置。挺有才啊，每个节点队列取名。自己懒得起名，就是普通节点 ...

哇 慧眼如炬啊 我们确实是个实验课题组
这个集团军主要进行的战斗任务：
至少60%以上的机时，以雇佣军的形式给实验化学打工，单个计算任务动辄3000基函数以上，用DFT及其各种衍生方法。
以单节点内并行计算为主要模式。迫不得已可以用两个节点并行
老师在组里养了一个副教授（我师兄）和一个讲师（我）和一个博士生和一个硕士生，给另外20+个实验化学的人的工作做理论支撑，组里几乎每个实验工作，只要这个工作发表在Chem Commun啊Chem Eur J啊，更别说Jacs之类啦，肯定都有理论计算方面的解释
就这样，其实挺苦逼的
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17楼2013-12-10 15:05:26
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
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17楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-12-10 15:05:26
哇 慧眼如炬啊 我们确实是个实验课题组
这个集团军主要进行的战斗任务：
至少60%以上的机时，以雇佣军的形式给实验化学打工，单个计算任务动辄3000基函数以上，用DFT及其各种衍生方法。
以单节点内并行计算 ...

你是大名鼎鼎的，谁不认识你啊。我是天外（他，你们也很熟悉）师弟，我们联系过几次，可能你早就忘了。
你们课题组挺好，实验理论结合。我们课题组也有实验和理论，但我们几乎是单干。
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18楼2013-12-10 15:10:04
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18楼: Originally posted by wuy069 at 2013-12-10 15:10:04
你是大名鼎鼎的，谁不认识你啊。我是天外（他，你们也很熟悉）师弟，我们联系过几次，可能你早就忘了。
你们课题组挺好，实验理论结合。我们课题组也有实验和理论，但我们几乎是单干。...

你师兄是大名鼎鼎的，谁不认识他啊
你的水平也很好的很好的 只是发帖少 我要去问问你师兄 你到底是谁啦
苏老师毕竟是理论化学家，当然允许理论单干。姜老师毕竟不是理论这一行儿的，所以，你知道的

[ Last edited by yjcmwgk on 2013-12-10 at 15:15 ]
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19楼2013-12-10 15:14:32
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gongyiweimu

木虫 (著名写手)
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感觉要是结合自己在这机器上主要做什么，要求能不能满足要求，再考虑其他的。
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远山飘渺或可登
20楼2013-12-10 22:01:19
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