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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 机器配置的选择，谢谢各位大神 已有11人参与

组机器 非常头痛

两个方案
A方案，四个节点，每个节点两颗E5-2650v2,每个CPU八核心，每个核心2.5G，统共4*2*8*2.5=160GHz/s
B方案，先来两个节点，每个节点两颗E5-2643v2,每个CPU六核心，每个核心3.5G；再来两个节点，每个节点两颗E5-2637v2,每个CPU四核心，每个核心3.5G；统共2*2*6*3.5+2*2*4*3.5=140GHz/s

B方案比A方案稍贵一点点，差不多钱。

考虑到高斯并行没那么给力，想选B；考虑到总运行频率的问题，想选A。极度纠结。

请各位大神出出主意。
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1楼 2013-12-09 18:01:20
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
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觉得你这么算总运行频率不咋合理，还是不要从这方面考虑。
E5-2650 v2 (20M cache, 8 Cores, 16 Threads, 2.60 GHz (95W) 8.00 GT/sec Intel® QPI, 22nm) $1,166
E5-2643 v2 (25M cache, 6 Cores, 12 Threads, 3,50 GHz (130W) 8.00 GT/sec Intel® QPI, 22nm) $1,552
在你这两个方案中，运行gaussian，B方案的单核运算能力肯定比A方案的强；但A方案毕竟核多。

说实话，如果是我自己这两个方案都不想要，赞成4楼的方案；应该从性价比方面考虑，而不是低配
E5-2680 v2 (25M cache, 10 Cores, 20 Threads, 2.80 GHz (115W) 8.00 GT/sec Intel® QPI, 22nm) $1,723
3个这个节点（2*10*3=60 Cores)，而B方案4个节点（2*6*4=48 Cores）。从计算性能考虑，这个也不会比B方案差多少。

PS:哦，忘了你B方案的E5-2637 v2，不想吐槽它了，L3缓存不咋的，单核计算能力不一定有A方案高。E5-2637 v2 (15M cache, 4 Cores, 8 Threads, 3.50 GHz (130W) 8.00 GT/sec Intel® QPI, 22nm) $996

[ Last edited by wuy069 on 2013-12-10 at 08:58 ]
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8楼2013-12-10 08:50:05
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wuy069

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11楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-12-10 14:00:21
非常感谢你的建议 但是 高斯的并行真心不咋地 核心少一些 单核心运算能力强一些 似乎更符合需求吧 敬请指教...

嗯，小卒的理解正确，对于gaussian就这样。如果作业任务多，建议买核多的。如果不差机时，就想计算速度快，那就用B方案。具体用哪个方案得看自己的情况。
最好能说服卖服务器的，可以提供给你测试的机器，这样你就能比较了。
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13楼2013-12-10 14:12:44
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wuy069

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14楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-12-10 14:15:33
这是我的“扩军计划”，要不，你给瞅瞅？

师兄出国了，留给我们的机器有八个节点（原有部队）
(1) 守备部队，用于低烈度小型战斗任务
两个国土守备师：每个节点两颗至强E5504(2*4*2.00G, L2:1M, L3:4M)， ...

每个节点的配置都合理；目标明确，那就干吧。你们课题组做理论的少吧，这么多资源，；也有显摆的嫌疑。

我们课题组同一批次一般都买一样的配置。挺有才啊，每个节点队列取名。自己懒得起名，就是普通节点，infiniband节点，大内存节点。

你们的主节点（管理节点）得说下，如果要编译其他程序还是换个低配的至强CPU；管理节点硬盘有点小，可以采用阵列卡组raid。
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16楼2013-12-10 15:00:51
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wuy069

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17楼: Originally posted by yjcmwgk at 2013-12-10 15:05:26
哇 慧眼如炬啊 我们确实是个实验课题组
这个集团军主要进行的战斗任务：
至少60%以上的机时，以雇佣军的形式给实验化学打工，单个计算任务动辄3000基函数以上，用DFT及其各种衍生方法。
以单节点内并行计算 ...

你是大名鼎鼎的，谁不认识你啊。我是天外（他，你们也很熟悉）师弟，我们联系过几次，可能你早就忘了。
你们课题组挺好，实验理论结合。我们课题组也有实验和理论，但我们几乎是单干。
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18楼2013-12-10 15:10:04
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