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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟 构建盒子环刺穿问题
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晏子青儿

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子模拟 构建盒子环刺穿问题 已有1人参与

构建10个盒子，结果就只有九个，有时更少。out文件最后是这样说的：
1 frames contain catenated and/or speared rings.
EC.arc contains 9 frames after removing  bad configurations.
the structures in the arc file have not been refined.please use the basic refine protocol to refine these.
我想问下我的这九个盒子还可以继续用不？为什么最后一句话说结构还没有完善？如何完善呢？
注：我的盒子里加入了200个甲醇分子了，本以为可以防止环穿刺现象的，但是任然有穿刺现象。
还请高手指教，不甚感激！！
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1楼 2013-12-09 16:25:51
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晏子青儿

新虫 (初入文坛)
求帮助啊求帮助啊
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2楼2013-12-10 08:31:59
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晏子青儿

新虫 (初入文坛)
各位大神帮帮忙呀
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3楼2013-12-10 18:36:48
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-12 13:29:43
你在构建的时候是不是初始密度设置的太大了，你可以把初始密度的值设置的小一些，比如0.1g/cm3；如果还是出现环穿插的情况，可以在AC建模的时候在盒子里加入一定数量的气体小分子，如甲烷，这些小分子在你建模完成后进行后续的模拟的时候可以删掉
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4楼2013-12-11 08:46:08
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晏子青儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-12-11 08:46:08
你在构建的时候是不是初始密度设置的太大了，你可以把初始密度的值设置的小一些，比如0.1g/cm3；如果还是出现环穿插的情况，可以在AC建模的时候在盒子里加入一定数量的气体小分子，如甲烷，这些小分子在你建模完成后 ...

构建盒子时有个最终密度和初始密度，你说的这个应该是最终密度是么？
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5楼2013-12-12 08:30:25
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晏子青儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-12-11 08:46:08
你在构建的时候是不是初始密度设置的太大了，你可以把初始密度的值设置的小一些，比如0.1g/cm3；如果还是出现环穿插的情况，可以在AC建模的时候在盒子里加入一定数量的气体小分子，如甲烷，这些小分子在你建模完成后 ...

而且我出现的这九个结构还可以用吗？the structures in the arc file have not been refined.please use the basic refine protocol to refine these.
说结构没有完善又是什么意思呢？感谢感谢~~~
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6楼2013-12-12 09:05:14
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loveyouting

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

亲，您这个可以用吗，我都算了动力学了，才想起来
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7楼2014-12-04 17:02:26
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loveyouting

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by shiyiwenren at 2013-12-11 08:46:08
你在构建的时候是不是初始密度设置的太大了，你可以把初始密度的值设置的小一些，比如0.1g/cm3；如果还是出现环穿插的情况，可以在AC建模的时候在盒子里加入一定数量的气体小分子，如甲烷，这些小分子在你建模完成后 ...

"你在构建的时候是不是初始密度设置的太大了，你可以把初始密度的值设置的小一些，比如0.1g/cm3；如果还是出现环穿插的情况，可以在AC建模的时候在盒子里加入一定数量的气体小分子，如甲烷，这些小分子在你建模完成后进行后续的模拟的时候可以删掉"。亲为什么我这个删掉之后就剩一个盒子呢，是怎么删的呢
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8楼2014-12-05 15:58:10
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