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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 数字化表达谱中,Mismatch Reads、Indel Reads等都是什么意思啊?

Mapped Reads和Perfect Mapped Reads有什么区别?
Mismatch Reads和Indel Reads又是什么意思呢?
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

reads和map的意思知道吧?
2楼2013-12-06 17:24:45
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wxl007777: 金币+5, 谢谢,那另外2个呢? 2013-12-06 19:05:08
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-06 23:03:57
-=》做mapping的时候参数是你决定的, 一般可以每20个bp允许最多出现一个错配(你可以修改改允许错配的程度)。 所有符合你设定参数的reads就是mapped reads, 其中完全没有错配的那些是perfect mapped reads.
3楼2013-12-06 18:08:53
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 17:24:45
reads和map的意思知道吧?

这个当然知道了
4楼2013-12-06 19:05:23
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-12-06 18:08:53
-=》做mapping的时候参数是你决定的, 一般可以每20个bp允许最多出现一个错配(你可以修改改允许错配的程度)。 所有符合你设定参数的reads就是mapped reads, 其中完全没有错配的那些是perfect mapped reads.

谢谢,那另外2个呢?
5楼2013-12-06 19:05:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wxl007777: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢了,那是不是说,20bp允许一个mismatch就是mapped? 2013-12-06 22:29:25
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-06 23:04:10
indel reads应该就是这个(些)reads在mapping的时候,有indel现象(insert-deletion)
同样地,mismatch reads就是存在mismatch,比如:reference是 .....ACGTG....; reads是.....ACGGG.... 这里有一个base的mismatch。
6楼2013-12-06 20:35:40
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 20:35:40
indel reads应该就是这个(些)reads在mapping的时候,有indel现象(insert-deletion)
同样地,mismatch reads就是存在mismatch,比如:reference是 .....ACGTG....; reads是.....ACGGG.... 这里有一个base的mism ...

谢谢了,那是不是说,20bp允许一个mismatch就是mapped?
7楼2013-12-06 22:29:30
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kim白白

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 17:24:45
reads和map的意思知道吧?

不知道呢,这两个是什么意思?

发自小木虫IOS客户端
8楼2017-08-29 09:26:32
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