2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 17:24:45
reads和map的意思知道吧？

3楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-12-06 18:08:53
－＝》做mapping的时候参数是你决定的， 一般可以每20个bp允许最多出现一个错配(你可以修改改允许错配的程度)。 所有符合你设定参数的reads就是mapped reads, 其中完全没有错配的那些是perfect mapped reads.

6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 20:35:40
indel reads应该就是这个（些）reads在mapping的时候，有indel现象（insert-deletion）
同样地，mismatch reads就是存在mismatch，比如：reference是 .....ACGTG....; reads是.....ACGGG.... 这里有一个base的mism ...

2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 17:24:45
reads和map的意思知道吧？