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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 数字化表达谱中，Mismatch Reads、Indel Reads等都是什么意思啊？
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 数字化表达谱中，Mismatch Reads、Indel Reads等都是什么意思啊？

Mapped Reads和Perfect Mapped Reads有什么区别？
Mismatch Reads和Indel Reads又是什么意思呢？
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1楼 2013-12-06 15:35:46
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
reads和map的意思知道吧？
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2楼2013-12-06 17:24:45
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wxl007777: 金币+5, 谢谢，那另外2个呢？ 2013-12-06 19:05:08
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-06 23:03:57
－＝》做mapping的时候参数是你决定的， 一般可以每20个bp允许最多出现一个错配(你可以修改改允许错配的程度)。 所有符合你设定参数的reads就是mapped reads, 其中完全没有错配的那些是perfect mapped reads.
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3楼2013-12-06 18:08:53
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 17:24:45
reads和map的意思知道吧？

这个当然知道了
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4楼2013-12-06 19:05:23
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-12-06 18:08:53
－＝》做mapping的时候参数是你决定的， 一般可以每20个bp允许最多出现一个错配(你可以修改改允许错配的程度)。 所有符合你设定参数的reads就是mapped reads, 其中完全没有错配的那些是perfect mapped reads.

谢谢，那另外2个呢？
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5楼2013-12-06 19:05:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wxl007777: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 谢谢了，那是不是说，20bp允许一个mismatch就是mapped？ 2013-12-06 22:29:25
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-06 23:04:10
indel reads应该就是这个（些）reads在mapping的时候，有indel现象（insert-deletion）
同样地，mismatch reads就是存在mismatch，比如：reference是 .....ACGTG....; reads是.....ACGGG.... 这里有一个base的mismatch。
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6楼2013-12-06 20:35:40
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 20:35:40
indel reads应该就是这个（些）reads在mapping的时候，有indel现象（insert-deletion）
同样地，mismatch reads就是存在mismatch，比如：reference是 .....ACGTG....; reads是.....ACGGG.... 这里有一个base的mism ...

谢谢了，那是不是说，20bp允许一个mismatch就是mapped？
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7楼2013-12-06 22:29:30
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kim白白

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-06 17:24:45
reads和map的意思知道吧？

不知道呢，这两个是什么意思？

发自小木虫IOS客户端
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8楼2017-08-29 09:26:32
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