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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » msi2lmp使用出错
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traexe

新虫 (小有名气)

[求助] msi2lmp使用出错 已有2人参与

我是刚刚接触动力学，但是在lammps建模的时候就很困惑。我把ms 中的car 和mdf 文件写好后，在msi2lmp中跑，用的是cvff力场，但是总是出现"unable to find oop data for ..." 这种错误，我查遍了好像也没有看到这种错误，不知道哪位大神能够解答下，谢谢
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1楼 2013-12-05 20:41:55
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ashioulou

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 10:56:21
traexe: 金币+2 2013-12-09 18:30:19
????ц??}?v????????c???^????
1. ????msi2lmp??????
2. ???F???e?`????N????????c???^??????}
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2楼2013-12-08 21:38:14
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tim562944200

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 感谢指导！ 2013-12-16 08:32:47
traexe: 金币+2 2013-12-17 15:31:48
楼主说的不是很清楚,可以检查以下几点:
1.是否获得msi2lmp.exe文件
2.力场文件是否都拷贝到了进行转换操作的文件夹,
建议直接把car   ,   mdf文件放到lammps/tools/msi2lmp/src文件夹中进行转换操作
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3楼2013-12-15 20:30:45
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traexe

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-12-15 20:30:45
楼主说的不是很清楚,可以检查以下几点:
1.是否获得msi2lmp.exe文件
2.力场文件是否都拷贝到了进行转换操作的文件夹,
建议直接把car   ,   mdf文件放到lammps/tools/msi2lmp/src文件夹中进行转换操作

谢谢您的回复！ msi2lmp.exe装上了，然后力场文件也拷进去了，可是还是会存在这个问题。
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4楼2013-12-17 15:33:33
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
traexe: 金币+5 2013-12-17 16:20:40
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-18 08:36:18
traexe: 金币+11 2014-01-01 16:13:04
有的原子力场没有就会出错，解决方法就是使用类是的原子先替代，转换后自己手动修改参数，其bond，angle等位置都是对的。
如果有的键力场中没有在使用命令时候用-ignore,会报错，忽略以后，可以出data文件，其中手动修改参数。
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自古明王圣帝，犹须勤学，况凡庶乎！
5楼2013-12-17 15:48:24
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traexe

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2013-12-17 15:48:24
有的原子力场没有就会出错，解决方法就是使用类是的原子先替代，转换后自己手动修改参数，其bond，angle等位置都是对的。
如果有的键力场中没有在使用命令时候用-ignore,会报错，忽略以后，可以出data文件，其中手 ...

谢谢回复！好像是这样的，多谢！
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6楼2013-12-17 16:23:00
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traexe

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2013-12-17 15:48:24
有的原子力场没有就会出错，解决方法就是使用类是的原子先替代，转换后自己手动修改参数，其bond，angle等位置都是对的。
如果有的键力场中没有在使用命令时候用-ignore,会报错，忽略以后，可以出data文件，其中手 ...

我还想麻烦问您一个问题，我计算的是矿物高岭石，一个晶胞里面34个原子，那是不是里面的每一个原子都应该配上不同的力场呢？比如说里面有几种O原子，有的是跟Al相连，有的是跟Si相连，应该分别对待对吧，这样理解对吗？
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7楼2013-12-17 16:57:43
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by traexe at 2013-12-17 16:57:43
我还想麻烦问您一个问题，我计算的是矿物高岭石，一个晶胞里面34个原子，那是不是里面的每一个原子都应该配上不同的力场呢？比如说里面有几种O原子，有的是跟Al相连，有的是跟Si相连，应该分别对待对吧，这样理解对 ...

不用，根据你所要使用的力场设定，比如有的力场区分表面Os，和内部Ob，在转换后自动bond后面会列出bond的种类数目，自动将与Si相连的分为一类，与Al相连的分为一类。
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traexe
自古明王圣帝，犹须勤学，况凡庶乎！
8楼2013-12-24 09:19:29
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traexe

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2013-12-24 09:19:29
不用，根据你所要使用的力场设定，比如有的力场区分表面Os，和内部Ob，在转换后自动bond后面会列出bond的种类数目，自动将与Si相连的分为一类，与Al相连的分为一类。...

嗯，好，学习了！谢谢您！
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9楼2014-01-01 16:11:52
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