应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于16S rRNA基因绝对荧光定量的问题
52/1返回列表
查看: 3916  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lemian

木虫 (正式写手)

[求助] 关于16S rRNA基因绝对荧光定量的问题 已有1人参与

虫友们，我想请教一个问题。
我有一批样品做了16S rRNA基因V3-V5区高通量测序，得到了一个OTU相对丰度矩阵。然后我用绝对荧光定量做了16S rRNA基因V4区的分析，得到了原始DNA 16S rRNA基因的拷贝数。我想能不能在每个样品中用OTU相对丰度乘以荧光定量获得的该样品的拷贝数，最终能不能得到一个OTU绝对丰度的矩阵。然后用于后续分析，如alpha多样性beta多样性等。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2013-12-03 09:27:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 小佳佳佳佳 at 2014-11-19 10:25:50
二位方便给个文章题目吗？小白来参考

忘记回了，论文请见下

Liu LM et al. Synchronous dynamics and correlations between bacteria and phytoplankton in a subtropical drinking water reservoir. FEMS Microbiol Ecol 90 (2014): 126–138

http://onlinelibrary.wiley.com/d ... 6941.12378/abstract
赞一下 回复此楼
17楼2014-11-22 14:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 18 个回答

lemian

木虫 (正式写手)
哎，每人给个建议
回复此楼
3楼2013-12-03 19:01:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lemian: 金币+1, ★有帮助 2013-12-04 23:19:18
lemian: 金币+4 2013-12-04 23:19:54
多样性你直接采用高通量测序得到的OTU相对丰度就可以了。
那个绝对拷贝数没必要用。
OTU相对丰度乘以荧光定量获得的该样品的拷贝数也就是绝对风度再计算多样性跟相对丰度计算式一样的，只是多了一个拷贝数而已。在计算多样性的时候分子分母会除掉，没有什么实际意义。
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-04 10:48:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lemian

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2013-12-04 10:48:42
多样性你直接采用高通量测序得到的OTU相对丰度就可以了。
那个绝对拷贝数没必要用。
OTU相对丰度乘以荧光定量获得的该样品的拷贝数也就是绝对风度再计算多样性跟相对丰度计算式一样的，只是多了一个拷贝数而已。在 ...

我还要分析不同OTU之间的相关关系，例如OTU1和OTU2的线性相关关系。如果用相对丰度去做结果可能会不准，因为OTU1 在两个样品中可能相对丰度不变，但绝对丰度有非常大的变化。所以我想问一下我拿相对丰度去乘拷贝数这方法是否可行，会不会遭到质疑。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2013-12-04 12:59:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 18 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭