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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 切实可行的计算机模拟的体系最大有多大？
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

[交流] 切实可行的计算机模拟的体系最大有多大？

切实可行的计算机模拟的体系最大有多大？相应的计算软件呢？
欢迎大家交流。谢谢
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1楼 2007-12-24 15:16:43
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
我用gaussian计算相对多一些
在DFT-B3LYP水平上，
单点做过3000个基函数的
几何优化做过2000个基函数的
频率做过1530个基函数的
MP2水平做过几何优化，最大大约1000个基函数
MP2频率在基函数大于600时重来没有算成功过，最大使用16G硬盘空间给限制死了。64位的Gaussian可能能解决。

大家补充
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
2楼2007-12-24 15:40:44
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cationly

木虫 (正式写手)
★
csfn(金币+1,VIP+0):平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
vasp 算过100个原子的体系.
算了半个多月,8核并行
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3楼2007-12-24 15:47:36
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carlon

金虫 (小有名气)
★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
要看什么软件和什么方法了
如果是密度泛函的方法，可能能处理的原子数较少
特别是高斯，原子数多了而且有重原子的话会相对麻烦
如果是ms的话，一般20个左右原子还是可以算算的
如果是分子力学和分子动力学，算的体系可能是几百个原子把。
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4楼2007-12-24 18:24:12
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suntao1982

木虫 (著名写手)

小木虫
★
csfn(金币+1,VIP+0):平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
现在MOLCAS采用新算法，可以计算1000个原子应该没有问题，（要并行）
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做中国人的化学！！！！
5楼2007-12-24 18:28:26
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xlliu

铜虫 (初入文坛)
★
csfn(金币+1,VIP+0):平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
我用gromacs算过超过25W个原子的体系。
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6楼2007-12-24 19:28:11
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madonion

金虫 (正式写手)
★
csfn(金币+1,VIP+0):平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
用mm处理生物上的大分子那是很常见的事了
HF和DFT估计也就几百个原子吧
QCISD?我没听错吧，呵呵。。。。。。
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7楼2007-12-24 22:18:44
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2007-12-24 15:40:
我用gaussian计算相对多一些
在DFT-B3LYP水平上，
单点做过3000个基函数的
几何优化做过2000个基函数的
频率做过1530个基函数的
MP2水平做过几何优化，最大大约1000个基函数
MP2频率在基函数大于600时重来没 ...

不知道您算的这些体系是否包含重原子？并行算吗？
我最近用linux版高斯在算，含过渡金属
大约200个基函数，要差不多两天一个构型
感觉基函数再多，用高斯已经无法忍受，因为要算的构型太多
可能并行会好一些

欢迎大家继续参与

[ Last edited by xiaowandouer on 2007-12-25 at 09:13 ]
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8楼2007-12-25 09:12:19
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
引用回帖:
Originally posted by xiaowandouer at 2007-12-25 09:12:




不知道您算的这些体系是否包含重原子？并行算吗？
我最近用linux版高斯在算，含过渡金属
大约200个基函数，要差不多两天一个构型
感觉基函数再多，用高斯已经无法忍受，因为要算的构型太多
可能并行会 ...

我那个帖子中的数据指的是极限的情形，是我成功做过的最大的计算，那个1530个基函数的频率计算在双核2.4G的酷睿CPU上运行，耗费了我16天的时间

我不知道你用什么方法在什么样的电脑上计算，200个基函数计算，在DFT-B3LYP水平，我的电脑（酷睿4核2.4CPU/4G内存）优化加频率最多也就是0.5个小时，MP2水平也不会超过两个小时，就算两年前买的P4 3.0G的CPU/1G内存的电脑，MP2也不应该超过1天的。

我算的体系也经常含有过渡金属的，你是否定义了大的极化函数，比如3df，在基函数数量相同的情况下，含大的极化函数的计算会相对慢一些。

并行计算当然会提高速度，比如同一台机器上使用两个CPU差不多能提升90%的性能，四个CPU大概能相当于3.2个单CPU的速度，前提是你要运行那些并行处理较好的计算
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
9楼2007-12-25 10:33:43
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
引用回帖:
Originally posted by carlon at 2007-12-24 18:24:
要看什么软件和什么方法了
如果是密度泛函的方法，可能能处理的原子数较少
特别是高斯，原子数多了而且有重原子的话会相对麻烦
如果是ms的话，一般20个左右原子还是可以算算的
如果是分子力学和分子动力学，算 ...

关于高斯处理重原子比较麻烦的观念有点老了，Gaussian 03出来之后，Gaussian对过渡金属的处理还是很成功的。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
10楼2007-12-25 10:48:08
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