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wjmed

木虫 (正式写手)


[资源] 【分享】Tripos Sybyl Mol2原子类型

在分子模拟中,Tripos公司的MOL2格式是比较通用的文件格式,所以弄清其中的原子类型就比较重要。
下面我贴了3张图片,前一张是在sybyl的使用手册中截取下来的,后面两张是从分析对接软件gold的使用手册中截取下来的,以供大家参考。
本来是pdf的,不过考虑到上传pdf,大家下载还需要金币,就又保存为了图片,这样就可以直接下载了。
csfn 大虾建议我把自己发的关于分子模拟的帖子总结一下,我认为这个建议不错。
不过,电脑中还有很多以前的心得体会,我想再整理一下,再发一些帖子后,把这些总结成一个目录。
非常感谢大家一直来的支持!

[ Last edited by mingdong on 2008-12-11 at 09:39 ]
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2楼2007-12-24 08:22:41
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lavinia

金虫 (正式写手)


谢谢,受益非浅。我是SYBYL新手,想问一下如何在SYBYL中把蛋白质复合物拆分为配体和受体文件,谢谢!
3楼2007-12-24 09:30:30
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lavinia

金虫 (正式写手)


希望楼主今后多发一些关于SYBYL使用的帖子,我在学习中,有太多不会的。谢谢
4楼2007-12-24 09:34:22
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★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢参与!欢迎常来!:)
MOL2文件格式虽然是Tripos公司发明的,
并且是该公司的SYBYL软件的主力文件格式,
但是,由于该格式考虑得比较周到(例如,比MDL公司的MOL格式),
因此在其他软件中,应用也相当广泛。

在分子对接方面,DOCK, AutoDock和ArgusLab都用MOL2格式。
5楼2007-12-24 10:23:39
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luai071

木虫 (著名写手)


Gold的用法

★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢您的提供
引用回帖:
Originally posted by lavinia at 2007-12-24 09:34:
希望楼主今后多发一些关于SYBYL使用的帖子,我在学习中,有太多不会的。谢谢

我这里有一份GOLD的使用说明,上面正好提到了一些sybyl的用法。应该对你有帮助。
6楼2007-12-24 20:09:14
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wjmed

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by lavinia at 2007-12-24 09:30:
谢谢,受益非浅。我是SYBYL新手,想问一下如何在SYBYL中把蛋白质复合物拆分为配体和受体文件,谢谢!

这里John E. Kerrigan教授针对一些软件写的教程,非常好
http://www2.umdnj.edu/~kerrigje/structbio_II.htm
其中包括楼上提供的gold教程
7楼2007-12-24 21:03:22
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南药沈药
总共两校
学有专长
各有所好

SYBYL甜来SYBYL香
SYBYL贵得勒断肠
不如免费用DOCK
还有GOLD来帮忙
8楼2007-12-24 22:48:01
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luai071

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2007-12-24 22:48:
南药沈药
总共两校
学有专长
各有所好

SYBYL甜来SYBYL香
SYBYL贵得勒断肠
不如免费用DOCK
还有GOLD来帮忙

不知阁下属于哪个系统
9楼2007-12-25 09:15:09
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您是问老汉?

呵呵

南拳北腿源少林
爬冰卧雪四体勤
N年苟延象牙塔
远渡重洋次等人

物化开路算能量
分析作眼观谱峰
合成乃是家常菜
无机晶体算应用

曾学Fortran玩到死(到死=DOS,微软公司早期的单用户操作系统),
调试C语言摸秃顶。
Java到处去调试,
Perl站内忙运行。

Sybyl死啃SGI,
其实Linux也能赢。
加拿大出了个MOE,
Accelrys混大名。

体系小了没意思,
分子大了还难成。
QM/MM双双上,
依天哪能缺屠龙?

药物设计钱难瞢,
材料纳米却好碰。
随便用个能带论,
凑上数据来表征。

开源自由思想好,
可惜中国贡献轻。
拿来主义未百年,
抄袭剽窃已成风。

老汉年迈脑还灵,
尚能饭否死硬撑。
岂愿如此衰败体,
再捆官僚系统绳?

一台电脑能上网,
两指频敲字成行。
三顿素餐吃半饱,
四世同堂我据中。

[ Last edited by yalefield on 2007-12-25 at 10:35 ]
10楼2007-12-25 10:31:28
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youmufeng

铁虫 (小有名气)


三言两语写一生,
一把辛酸心中留(流)!
11楼2007-12-31 14:34:56
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tyl681108

木虫 (著名写手)


先生何不在此设坛讲经,把一生所学流传一二?
12楼2007-12-31 20:38:41
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lj623

金虫 (小有名气)


好东西,顶一个
13楼2008-01-09 13:37:11
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cup.qzu

新虫 (著名写手)


呵呵,高手,老手,不能不服啊
14楼2008-07-31 01:19:53
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战虎

金虫 (小有名气)


老汉就是老汉,无人能比啊
15楼2008-12-01 17:17:08
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