| 查看: 1669 | 回复: 18 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
sandf木虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟
|
||
|
我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。 MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？ 如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。 我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。 手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。 谢谢指教！ [ Last edited by freshgirl on 2009-6-28 at 22:06 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂
已经有3人回复
-
化学308分求调剂
已经有3人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有11人回复
-
335分 | 材料与化工专硕 | GPA 4.07 | 有科研经历
已经有3人回复
-
一志愿武理材料工程348求调剂
已经有9人回复
-
279分求调剂 一志愿211
已经有18人回复
-
0703化学求调剂
已经有5人回复
-
材料292调剂
已经有3人回复
-
一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂
已经有3人回复
-
306求0703调剂一志愿华中师范
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
csfn
荣誉版主 (知名作家)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 10 (幼儿园)
- 贵宾: 28.97
- 金币: 20056.9
- 散金: 7537
- 红花: 94
- 沙发: 46
- 帖子: 9522
- 在线: 1047.1小时
- 虫号: 433110
- 注册: 2007-08-18
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
- 管辖: 量子化学
2楼2007-12-23 16:11:23
ustc
金虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 9239.4
- 散金: 207
- 红花: 7
- 帖子: 1218
- 在线: 480.4小时
- 虫号: 28859
- 注册: 2003-11-13
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
3楼2007-12-23 21:11:20
zuozhijun5134
至尊木虫 (文坛精英)
- 应助: 314 (大学生)
- 金币: 15816
- 散金: 2369
- 红花: 14
- 帖子: 10682
- 在线: 303.6小时
- 虫号: 381687
- 注册: 2007-05-24
- 性别: GG
- 专业: 能源化工
4楼2007-12-24 16:01:23
sandf
木虫 (正式写手)
- 应助: 15 (小学生)
- 金币: 1631.4
- 散金: 121
- 红花: 2
- 帖子: 604
- 在线: 136.6小时
- 虫号: 305516
- 注册: 2006-12-10
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2007-12-24 16:40:38
hairan
木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
- 1ST强帖: 2
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 1.06
- 金币: 4974.3
- 散金: 8072
- 红花: 44
- 帖子: 2901
- 在线: 733.4小时
- 虫号: 432069
- 注册: 2007-08-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★
csfn(金币+4,VIP+0):Thanks~平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
csfn(金币+4,VIP+0):Thanks~平安夜，圣诞，元旦节日发主题帖或应助，额外加金币一个祝福~~
|
http://mail.sxu.cn/blog/index.ph ... uid=4062&id=228 在上面的连接，一个高手做了一个小程序，可以生成随机坐标，然后筛选，然后优化可能结构。 该程序主要思想: (1)生成随机坐标(3n个坐标),随机数产生命令生成, 坐标限制在(原子数-1)个A的立方体内. (2)抛弃不合理的坐标: 两个原子之间的距离< 0.7A, 或者某个原子距离所有原子的距离都> 2.0A. (3)调用Gaussian03程序或其它程序进行量子力学粗优化(一般用lsda/sto-3g), 得到合理的可能的结构. 如果你懂编程，修改这个小程序来适用你的体系是很简单的。 注：需要在linux下运行 |
6楼2007-12-24 17:01:11
7楼2007-12-24 17:04:29
|
搜索全局极小点和可能的几何构型是计算化学中一个重要的问题, 下面的小程序可以帮助大家去进行相当系统的搜索. 编程思想: (1)生成随机坐标(3n个坐标),随机数产生命令生成, 坐标限制在(原子数-1)个A的立方体内. (2)抛弃不合理的坐标: 两个原子之间的距离< 0.7A, 或者某个原子距离所有原子的距离都> 2.0A. (3)调用Gaussian03程序或其它程序进行量子力学粗优化(一般用lsda/sto-3g), 得到合理的可能的结构. 本程序是一个awk程序:gxyz.awk, 需要一个输入文件,见例子B6.txt, 输入的命令是(在Linux下): gawk -f gxyz.awk B6.txt 注意让命令后台运行, 因为要花很长的时间. 下 不下来啊,能给我发个吗cutebear_2003@163.com |
8楼2007-12-24 17:06:31
hairan
木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
- 1ST强帖: 2
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 1.06
- 金币: 4974.3
- 散金: 8072
- 红花: 44
- 帖子: 2901
- 在线: 733.4小时
- 虫号: 432069
- 注册: 2007-08-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
9楼2007-12-24 17:20:08
buble
金虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 3126.6
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1301
- 在线: 943.6小时
- 虫号: 467890
- 注册: 2007-11-27
- 性别: MM
- 专业: 金属功能材料
10楼2007-12-24 17:25:58
