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sandf木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟
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我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。 MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？ 如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。 我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。 手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。 谢谢指教！ [ Last edited by freshgirl on 2009-6-28 at 22:06 ] |
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csfn
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2楼2007-12-23 16:11:23
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http://mail.sxu.cn/blog/index.ph ... uid=4062&id=228 在上面的连接，一个高手做了一个小程序，可以生成随机坐标，然后筛选，然后优化可能结构。 该程序主要思想: (1)生成随机坐标(3n个坐标),随机数产生命令生成, 坐标限制在(原子数-1)个A的立方体内. (2)抛弃不合理的坐标: 两个原子之间的距离< 0.7A, 或者某个原子距离所有原子的距离都> 2.0A. (3)调用Gaussian03程序或其它程序进行量子力学粗优化(一般用lsda/sto-3g), 得到合理的可能的结构. 如果你懂编程，修改这个小程序来适用你的体系是很简单的。 注：需要在linux下运行 |
6楼2007-12-24 17:01:11
7楼2007-12-24 17:04:29
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搜索全局极小点和可能的几何构型是计算化学中一个重要的问题, 下面的小程序可以帮助大家去进行相当系统的搜索. 编程思想: (1)生成随机坐标(3n个坐标),随机数产生命令生成, 坐标限制在(原子数-1)个A的立方体内. (2)抛弃不合理的坐标: 两个原子之间的距离< 0.7A, 或者某个原子距离所有原子的距离都> 2.0A. (3)调用Gaussian03程序或其它程序进行量子力学粗优化(一般用lsda/sto-3g), 得到合理的可能的结构. 本程序是一个awk程序:gxyz.awk, 需要一个输入文件,见例子B6.txt, 输入的命令是(在Linux下): gawk -f gxyz.awk B6.txt 注意让命令后台运行, 因为要花很长的时间. 下 不下来啊,能给我发个吗cutebear_2003@163.com |
8楼2007-12-24 17:06:31
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