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BioPerl软件安装
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在Windows中安装了ActivePerl 5.18.1.1800-MSWin32-x64-297570，然后通过PPM 安装了bioperl modules，包括Bioperl、BioPerl-DB、BioPerl-Network、BioPerl-Run、Bundle-BioPerl-Core，如下图： 然后测试如下代码： use Bio:  erl;$sql=get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN"  ;write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object); 出现提示错误如下： ------------- EXCEPTION ------------- MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences! STACK Bio:  B::WebDBSeqI::get_seq_stream D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:509STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Stream_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:289STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Seq_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:159STACK Bio: erl::get_sequence D:/Perl64/site/lib/Bio/Perl.pm:523STACK toplevel D:/eclipse/workspace/Hello/abc.pl:2 ------------------------------------- 请问高手，问题出现在什么地方？  1.png |
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为什么使用BIOPERL提取到的蛋白序列失败呢？ "use Bio: erl;"$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN" ;write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object); ------------- EXCEPTION ------------- MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences! STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_seq_stream D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:509STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Stream_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:289STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Seq_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:159STACK Bio: erl::get_sequence D:/Perl64/site/lib/Bio/Perl.pm:523STACK toplevel D:/eclipse/workspace/Hello/te.pl:2 ------------------------------------- |
3楼2013-12-04 13:27:58
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如下代码没有什么问题。 use Bio::SeqIO; $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => "test.fasta", -format => "fasta" ); while ($seq_obj = $seqio_obj->next_seq){ # print the sequence print $seq_obj->seq,"\n"; } 但是一旦涉及数据库操作，就有问题了。例如： use Bio: B::GenBank; $db_obj = Bio: B::GenBank->new; $seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_id(3); print ($seq_obj); 则出现： UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at D:/Perl64/site/lib/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94. Bio::Seq::RichSeq=HASH(0x3d03ee0) 哪位可以告诉我问题出现在何处，如何解决？ |
2楼2013-11-27 22:54:22
