| 查看: 1029 | 回复: 2 | ||
[求助]
BioPerl软件安装
|
在Windows中安装了ActivePerl 5.18.1.1800-MSWin32-x64-297570，然后通过PPM 安装了bioperl modules，包括Bioperl、BioPerl-DB、BioPerl-Network、BioPerl-Run、Bundle-BioPerl-Core，如下图： 然后测试如下代码： use Bio:  erl;$sql=get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN"  ;write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object); 出现提示错误如下： ------------- EXCEPTION ------------- MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences! STACK Bio:  B::WebDBSeqI::get_seq_stream D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:509STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Stream_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:289STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Seq_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:159STACK Bio: erl::get_sequence D:/Perl64/site/lib/Bio/Perl.pm:523STACK toplevel D:/eclipse/workspace/Hello/abc.pl:2 ------------------------------------- 请问高手，问题出现在什么地方？  1.png |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有15人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有14人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有17人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有12人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有18人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有14人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有10人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】comsol可否安装在服务器上，linux系统的服务器
已经有4人回复
- 软件安装不上 下载下来就是一看就不行 求大侠帮忙
已经有11人回复
- 【软件】proteus软件安装包
已经有44人回复
- “已安装有该软件的其他版本，请先卸载”
已经有5人回复
- 软件安装完成后原来的文件可以删除不？
已经有4人回复
- lunix下安装软件错误！stderr和fprintf尚未声明！
已经有3人回复
- CATIA软件安装包
已经有4人回复
- 求助智能手机软件安装问题
已经有8人回复
- Linux ubuntu 11.10 系统安装教程
已经有12人回复
- 请问PROII 8.0 软件安装具体步骤？最好有图解···很感谢
已经有8人回复
- 有没有会在Linux系统安装Bioperl 的大侠？
已经有7人回复
- 【求助】求Mimics10.1 软件安装包和中文教程
已经有6人回复
- 求iku加速器的安装软件
已经有3人回复
- win7系统下面安装的CAD2006软件
已经有6人回复
- 求助红外OPUS软件安装问题
已经有11人回复
- 【求助】求vasp.4.6 安装必备软件
已经有13人回复
- 【求助】安装的红外软件OPUS6.5, 怎么只能打开一个文件啊
已经有10人回复
- 【求助】linux下安装MS软件不成功
已经有9人回复
|
如下代码没有什么问题。 use Bio::SeqIO; $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => "test.fasta", -format => "fasta" ); while ($seq_obj = $seqio_obj->next_seq){ # print the sequence print $seq_obj->seq,"\n"; } 但是一旦涉及数据库操作，就有问题了。例如： use Bio: B::GenBank; $db_obj = Bio: B::GenBank->new; $seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_id(3); print ($seq_obj); 则出现： UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at D:/Perl64/site/lib/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94. Bio::Seq::RichSeq=HASH(0x3d03ee0) 哪位可以告诉我问题出现在何处，如何解决？ |
2楼2013-11-27 22:54:22
|
为什么使用BIOPERL提取到的蛋白序列失败呢？ "use Bio: erl;"$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN" ;write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object); ------------- EXCEPTION ------------- MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences! STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_seq_stream D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:509STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Stream_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:289STACK Bio: B::WebDBSeqI::get_Seq_by_id D:/Perl64/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:159STACK Bio: erl::get_sequence D:/Perl64/site/lib/Bio/Perl.pm:523STACK toplevel D:/eclipse/workspace/Hello/te.pl:2 ------------------------------------- |
3楼2013-12-04 13:27:58
