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【原创】免费分子对接评分软件XScore使用札记
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前些日子发的分子对接软件AutoDock和Hex使用方法得到大家支持。这里把以前总结的关于评分函数软件XScore的心得共享给大家。 曾经在博客中写过，后来在网上检索了一下，得到很多网友的转贴。希望大家在这里不要认为我也是贴来的。呵呵 XScore是基于经验的分子对接评分软件,采用原子加和算法，对分子对接后的受体－配体相互作用亲和力进行评价。由王任小博士开发，目前版本为1.2，据王任小博士说已经有了2.0版本，不过相应文章没有发表前不向外发布。期盼中。 该程序目前由密歇根大学Shaomeng Wang博士课题组维护。 主页： http://sw16.im.med.umich.edu/ xscore的前身是score，不过score一次只能计算一个配体。而xscore的功能更为强大，可以计算multimol2分子，就是把多个配体分子放在一个mol2文件中，作为输入文件，进行计算。 因而，可以在大规模虚拟筛选中，对虚拟筛选产生的各种结合方式（pose）进行再次评分，以发现活性化合物。在来鲁华教授课题组曾经发表的文章中，就曾经以 SARS-CoV 3C-like proteinase为靶点，用DOCK对ACD-3D,MDDR-3D以及NCI-3D进行构象搜索，并用score软件进行评分，最终发现了针对 SARS病毒的活性化合物。（Liu, Z.; et al. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 10-17） xscore 可以计算受体、配体之间的结合常数，并且可以考虑辅因子（cofactor）在受体－配体相互作用中的影响。评分值采用的是半数抑制浓度（单位 mol/L）的负对数值，所以，假如评分值为6，猜测的活性值能达到IC50为微摩尔级别，而评分值为9，则猜测的活性值能达到IC50为纳摩尔级别。 学术用户可以免费申请使用。以源代码发布，可以在各种平台下编译使用。 用法： $xscore -fixmol2 docked_ligand.mol2 ligand_for_xscore.mol2 将对接后的配体文件转换为xscore格式 $xscore -fixpdb receptor_input.pdb receptor_for_xscore.pdb 将受体文件转换为xscore格式，输入文件为蛋白质，pdb格式，加极性氢 $xscore -score receptor_for_xscore.pdb cofactor.mol2 ligand_for_xscore.mol2 进行评分，可以添加辅因子进行计算 除此之外，xscore还可以计算化合物的logP值，用法 $xscore -fixmol2 docked_ligand.mol2 ligand_for_xscore.mol2 将配体文件转换为xscore格式 $xscore -logp compound.mol2 计算logp值 申请地址 http://sw16.im.med.umich.edu/software/xtool/ 附：score及xscore文献： score： Wang, R.; Liu, L.; Lai, L.;, et al. SCORE: A New Empirical Method for Estimating the Binding Affinity of a Protein-Ligand Complex. J. Mol. Mod. 1998,4(12):379-394 http://www.springerlink.com/content/axx7b6gpp6e2598e/ xscore： Wang, R.; Lai, L.; Wang, S. Further Development and Validation of Empirical Scoring Functions for Structure-Based Binding Affinity Prediction. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2002, 16, 11-26. http://www.ics.uci.edu/~dock/manuals/xscore1.1_manual/xscore.pdf xscore安装及使用指导： http://sw16.im.med.umich.edu/software/xtool/manual/index.html 再次谢谢大家的支持。我会逐步把自己的经验拿出来和大家分享的。 [ Last edited by wjmed on 2007-12-22 at 11:43 ] |
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