| 查看: 1163 | 回复: 3 | |||
| 【奖励】 本帖被评价2次，作者wjmed增加金币 1.5 个 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[资源]
【原创】免费分子对接评分软件XScore使用札记
|
|||
|
前些日子发的分子对接软件AutoDock和Hex使用方法得到大家支持。这里把以前总结的关于评分函数软件XScore的心得共享给大家。 曾经在博客中写过，后来在网上检索了一下，得到很多网友的转贴。希望大家在这里不要认为我也是贴来的。呵呵 XScore是基于经验的分子对接评分软件,采用原子加和算法，对分子对接后的受体－配体相互作用亲和力进行评价。由王任小博士开发，目前版本为1.2，据王任小博士说已经有了2.0版本，不过相应文章没有发表前不向外发布。期盼中。 该程序目前由密歇根大学Shaomeng Wang博士课题组维护。 主页： http://sw16.im.med.umich.edu/ xscore的前身是score，不过score一次只能计算一个配体。而xscore的功能更为强大，可以计算multimol2分子，就是把多个配体分子放在一个mol2文件中，作为输入文件，进行计算。 因而，可以在大规模虚拟筛选中，对虚拟筛选产生的各种结合方式（pose）进行再次评分，以发现活性化合物。在来鲁华教授课题组曾经发表的文章中，就曾经以 SARS-CoV 3C-like proteinase为靶点，用DOCK对ACD-3D,MDDR-3D以及NCI-3D进行构象搜索，并用score软件进行评分，最终发现了针对 SARS病毒的活性化合物。（Liu, Z.; et al. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 10-17） xscore 可以计算受体、配体之间的结合常数，并且可以考虑辅因子（cofactor）在受体－配体相互作用中的影响。评分值采用的是半数抑制浓度（单位 mol/L）的负对数值，所以，假如评分值为6，猜测的活性值能达到IC50为微摩尔级别，而评分值为9，则猜测的活性值能达到IC50为纳摩尔级别。 学术用户可以免费申请使用。以源代码发布，可以在各种平台下编译使用。 用法： $xscore -fixmol2 docked_ligand.mol2 ligand_for_xscore.mol2 将对接后的配体文件转换为xscore格式 $xscore -fixpdb receptor_input.pdb receptor_for_xscore.pdb 将受体文件转换为xscore格式，输入文件为蛋白质，pdb格式，加极性氢 $xscore -score receptor_for_xscore.pdb cofactor.mol2 ligand_for_xscore.mol2 进行评分，可以添加辅因子进行计算 除此之外，xscore还可以计算化合物的logP值，用法 $xscore -fixmol2 docked_ligand.mol2 ligand_for_xscore.mol2 将配体文件转换为xscore格式 $xscore -logp compound.mol2 计算logp值 申请地址 http://sw16.im.med.umich.edu/software/xtool/ 附：score及xscore文献： score： Wang, R.; Liu, L.; Lai, L.;, et al. SCORE: A New Empirical Method for Estimating the Binding Affinity of a Protein-Ligand Complex. J. Mol. Mod. 1998,4(12):379-394 http://www.springerlink.com/content/axx7b6gpp6e2598e/ xscore： Wang, R.; Lai, L.; Wang, S. Further Development and Validation of Empirical Scoring Functions for Structure-Based Binding Affinity Prediction. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2002, 16, 11-26. http://www.ics.uci.edu/~dock/manuals/xscore1.1_manual/xscore.pdf xscore安装及使用指导： http://sw16.im.med.umich.edu/software/xtool/manual/index.html 再次谢谢大家的支持。我会逐步把自己的经验拿出来和大家分享的。 [ Last edited by wjmed on 2007-12-22 at 11:43 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
中国科学院东莞材料科学与技术研究所-2026年博士招生-吴昊研究员-磁学与自旋电子学
已经有0人回复
-
《电磁学》教材推荐
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有261人回复
-
【急招】合肥工大核聚变材料计算方向2026级工程博士生
已经有4人回复
-
大豆异黄酮分离
已经有0人回复
-
湖南大学材料学院急招2026年博士生，临时增加一名博士联培指标
已经有10人回复
-
天津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生1-2名
已经有1人回复
-
中国科学院物理研究所谌志国研究员团队招收2027年博士研究生
已经有3人回复
-
2026年中德博士后交流项目 - 新型量子和磁性材料：材料制备表征和中子散射研究
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2007-12-23 10:09:40
3楼2007-12-23 12:17:03
4楼2007-12-25 22:04:42
10