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xllifan

木虫 (小有名气)

[求助] 在生成wfn文件的时,什么情况下需要加nosymm

本人是刚开始学Multiwfn,在生成wfn文件的时候,看有的文献上说需要加nosymm
在此请教各位,在生成wfn文件的时,什么情况下需要加nosymm  谢谢!
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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gmy1990: 金币+3 2013-11-26 18:42:07
zhou2009: 金币+3 2013-11-26 20:19:08
通常都不需要加,除非手册里具体指明需要加,或者你希望wfn文件里的原子坐标和你输入文件里的坐标完全一致(不加nosymm的话程序会自动将坐标调整到标准朝向下)。诸如做片段密度差图时,每个片段坐标必须和复合物的坐标一致,此时就得靠nosymm来保证坐标不自动调整。
2楼2013-11-26 17:37:22
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xllifan

木虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by sobereva at 2013-11-26 17:37:22
通常都不需要加,除非手册里具体指明需要加,或者你希望wfn文件里的原子坐标和你输入文件里的坐标完全一致(不加nosymm的话程序会自动将坐标调整到标准朝向下)。诸如做片段密度差图时,每个片段坐标必须和复合物的 ...

非常感谢你的回复。我是在画变形密度的密度差图。请问您需要加nosymm吗?
3楼2013-11-26 22:45:06
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sobereva

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3楼: Originally posted by xllifan at 2013-11-26 22:45:06
非常感谢你的回复。我是在画变形密度的密度差图。请问您需要加nosymm吗?...

你是指的进入主功能3、4、5之后选-2对应的那个deformation property么?如果是指的那个,生成分子的波函数文件时不需要nosymm。因为Multiwfn会自动把每个原子的波函数的中心放置到相应原子核位置上。
4楼2013-11-26 23:54:37
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xllifan

木虫 (小有名气)

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4楼: Originally posted by sobereva at 2013-11-26 23:54:37
你是指的进入主功能3、4、5之后选-2对应的那个deformation property么?如果是指的那个,生成分子的波函数文件时不需要nosymm。因为Multiwfn会自动把每个原子的波函数的中心放置到相应原子核位置上。...

我的意思是在由向高斯提交生成wfn的文件中,是否需要nosymm。比如:
# pw91pw91/6-311+g* nosymm output=wfn pop=full
5楼2013-11-27 07:29:58
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sobereva

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5楼: Originally posted by xllifan at 2013-11-27 07:29:58
我的意思是在由向高斯提交生成wfn的文件中,是否需要nosymm。比如:
# pw91pw91/6-311+g* nosymm output=wfn pop=full...

这还是取决于这个文件打算用于什么目的的分析。通常不需要。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2013-11-27 13:26:21
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xllifan

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sobereva at 2013-11-27 13:26:21
这还是取决于这个文件打算用于什么目的的分析。通常不需要。...

对不起,忘记说了。我是打算画The electron density difference contour line maps。 我看了些资料,有的说需要,有的说不需要。疑惑中。
7楼2013-11-27 18:16:20
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xllifan

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送红花一朵
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6楼: Originally posted by sobereva at 2013-11-27 13:26:21
这还是取决于这个文件打算用于什么目的的分析。通常不需要。...

我是打算画The electron density difference contour line maps
不知道需要吗?还有,我看有的说需要,有的不需要。疑惑中。
8楼2013-11-27 18:17:23
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sobereva

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引用回帖:
7楼: Originally posted by xllifan at 2013-11-27 18:16:20
对不起,忘记说了。我是打算画The electron density difference contour line maps。 我看了些资料,有的说需要,有的说不需要。疑惑中。...

取决于你用谁减去谁。诸如都是同一个体系,计算它的激发态(垂直激发)和基态的密度差,就不需要nosymm,因为分子结构是相同的,即便高斯自动把体系放置到标准朝向下,对这两个状态也是完全一致的。如果你拿复合物的密度减去每个片段的密度,就需要利用nosymm避免高斯自动调整体系坐标,否则会导致片段的坐标和复合物的坐标不对应。
9楼2013-11-27 21:36:47
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xllifan

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9楼: Originally posted by sobereva at 2013-11-27 21:36:47
取决于你用谁减去谁。诸如都是同一个体系,计算它的激发态(垂直激发)和基态的密度差,就不需要nosymm,因为分子结构是相同的,即便高斯自动把体系放置到标准朝向下,对这两个状态也是完全一致的。如果你拿复合物 ...

非常感谢。明白了。
10楼2013-11-28 06:26:28
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