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cuicui2397

新虫 (小有名气)

[求助] vasp进行石墨烯结构优化,出现错误,求解,谢谢!

如题,INCAR文件如下:

SYSTEM = graphene
ENCUT = 500
ISTART = 0;ICHARG = 2
EDIFF = 0.01;EDIFFG = -0.02
NSW = 100;IBRION = 2
ISIF = 2
PREC = Accurate

KPOINTS文件如下:

Automatic generation
0
Monhkorst-Pack
11 11 1
0.0 0.0 0.0


POSCAR文件如下:这个文件是通过ms建模,导出xx.cif文件,通过vesta转化成POSCAR的。

graphene(0 0 -1)
1.0
       12.3000001907         0.0000000000         0.0000000000
        6.1500000954        10.6521126317         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        20.0000000000
    C
   50
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.933329999         0.133330002         0.000000000
     0.800000012         0.200000003         0.000000000
     0.733330011         0.333330005         0.000000000
     0.600000024         0.400000006         0.000000000
     0.533330023         0.533330023         0.000000000
     0.400000006         0.600000024         0.000000000
     0.333330005         0.733330011         0.000000000
     0.200000003         0.800000012         0.000000000
     0.133330002         0.933329999         0.000000000
     0.200000003         0.000000000         0.000000000
     0.133330002         0.133330002         0.000000000
     0.000000000         0.200000003         0.000000000
     0.933329999         0.333330005         0.000000000
     0.800000012         0.400000006         0.000000000
     0.733330011         0.533330023         0.000000000
     0.600000024         0.600000024         0.000000000
     0.533330023         0.733330011         0.000000000
     0.400000006         0.800000012         0.000000000
     0.333330005         0.933329999         0.000000000
     0.400000006         0.000000000         0.000000000
     0.333330005         0.133330002         0.000000000
     0.200000003         0.200000003         0.000000000
     0.133330002         0.333330005         0.000000000
     0.000000000         0.400000006         0.000000000
     0.933329999         0.533330023         0.000000000
     0.800000012         0.600000024         0.000000000
     0.733330011         0.733330011         0.000000000
     0.600000024         0.800000012         0.000000000
     0.533330023         0.933329999         0.000000000
     0.600000024         0.000000000         0.000000000
     0.533330023         0.133330002         0.000000000
     0.400000006         0.200000003         0.000000000
     0.333330005         0.333330005         0.000000000
     0.200000003         0.400000006         0.000000000
     0.133330002         0.533330023         0.000000000
     0.000000000         0.600000024         0.000000000
     0.933329999         0.733330011         0.000000000
     0.800000012         0.800000012         0.000000000
     0.733330011         0.933329999         0.000000000
     0.800000012         0.000000000         0.000000000
     0.733330011         0.133330002         0.000000000
     0.600000024         0.200000003         0.000000000
     0.533330023         0.333330005         0.000000000
     0.400000006         0.400000006         0.000000000
     0.333330005         0.533330023         0.000000000
     0.200000003         0.600000024         0.000000000
     0.133330002         0.733330011         0.000000000
     0.000000000         0.800000012         0.000000000
     0.933329999         0.933329999         0.000000000

赝势选择的是:PAW GGA_PBE

输入命令nohup mpirun -np 2 vasp >& out &后,在out文件中显示如下:

nohup: ignoring input
running on    2 total cores
distrk:  each k-point on    2 cores,    1 groups
distr:  one band on    1 cores,    2 groups
using from now: INCAR     
vasp.5.3.3 18Dez12 (build Oct 08 2013 23:00:52) complex                        
  
POSCAR found type information on POSCAR  C
POSCAR found :  1 types and      50 ions
scaLAPACK will be used

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|  ADVICE TO THIS USER RUNNING 'VASP/VAMP'   (HEAR YOUR MASTER'S VOICE ...):  |
|                                                                             |
|      You have a (more or less) 'large supercell' and for larger cells       |
|      it might be more efficient to use real space projection operators      |
|      So try LREAL= Auto  in the INCAR   file.                               |
|      Mind: If you want to do a very accurate calculations keep the          |
|      reciprocal projection scheme          (i.e. LREAL=.FALSE.)             |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000005BF264  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000460B90  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004446FC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00000035E761ECDD  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004445F9  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 6155 on node centos308 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------
请大家帮帮忙啊!这是什么问题啊?谢谢!
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cuicui2397

新虫 (小有名气)

???????:
2?: Originally posted by ?????? at 2013-11-22 20:23:32
??????X???x????c????????????????????

???????治?????????????????????
3楼2013-11-23 10:08:53
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甲斐之虎

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cuicui2397: 金币+3, 有帮助 2013-12-18 19:41:33
cuicui2397: 金币+2 2013-12-18 19:42:19
??????X???x????c????????????????????
别人笑我太疯颠,我笑他人看不穿。不见五陵豪杰墓,无花无酒锄作田。
2楼2013-11-22 20:23:32
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