| 查看: 5957 | 回复: 2 | |||
| 本帖产生 1 个 博学EPI ，点击这里进行查看 | |||
[求助]
【求助】有关Decovolution在质谱谱图分析中的解释
|
|||
|
本人新手，刚刚在看文献做ppt，求助内容如题如下： Sheath liquids consisting of aqueous ammonium acetate solution with methanol as organic modifier were found to exhibit the best results for stable electrospray. The results of CE–TOF-MS analysis of Mb are illustrated in Fig. 2. 【图见附件】   Fig. 2. Results from CE–TOF-MS experiments of myoglobin (Mb) under non-denaturating conditions (running buffer 50 mM ammonium acetate pH 8.3, sheath liquid 10 mM ammonium acetate pH 6.8–methanol, 50:50, v/v); details are given in the Experimental section. (A) Extracted ion electropherogram (XIE) of Mb (1.7 pmol injected); (B) extracted mass spectrum of peak at 8.9 min. Charge-state distributions of Mb (○ and ●) and apoMb (▴  . (C) Deconvoluted mass spectrum of (B) indicates intact Mb (Mr～17 567) and to a lower abundance apoMb (Mr～16 952).The electropherogram (Fig. 2A) shows that the migration of Mb from the capillary was completed within 10 min. The peak at 8.9 min led to the extracted mass spectrum shown in Fig. 2B. It exhibits two charge-state distributions of Mb containing the prosthetic heme group. These two groups of charge-states are attributed to a more “native-like” (○) and a more unfolded (●) conformation of Mb, respectively. The signal labelled with ▴ and the signal at m/z 616.1 (heme group) indicates the partial dissociation of the Mb complex. This was clearly revealed by the corresponding mass deconvolution (Fig. 2C) showing a dominant signal for Mb and at a lower signal intensity for apoMb. Probably, one reason for partial dissociation of Mb was the amount of methanol added to the sheath liquid, since methanol is known to affect protein conformation. 【求助问题】： 上述文献中的 (C) Deconvoluted mass spectrum of (B) indicates intact Mb (Mr～17 567) and to a lower abundance apoMb (Mr～16 952). 中的 Deconvoluted 是什么意思，我在网上查的是 Deconvoluted 说是“去卷积or解卷积” ，然后在 仪器信息网上 找到有2种解答：【1】可以将严重重叠的谱带分开的一种方法，提高分辨率；对于需要辨别重叠峰的相对积分值时, 时常需要利用软件去卷积的功能来完成； 【2】去卷积是一种新的信号处理方法,在大信噪比条件下,它可以获得很高的测向精度和远小于天线波束宽度的方位分辨率。【3】在小木虫中某处的解释：在质谱中，charge deconvolution指的是多电荷离子变为单电荷离子的计算方法。比如你得到一个myoglobin的ESI谱，里面有很多的峰，这些都是不同电荷数目的myoglobin。经过charge deconvolution只后，这张谱图上只剩下寥寥几个峰，都是单电荷的离子。这种去卷积质谱图一般用于蛋白的分析，将多电荷峰去卷积，得到单电荷峰，从而可以得到蛋白的分子量。 请问：“Deconvoluted” or “Decovolution” 在质谱谱图中的意思到底是什么？ 另外如果是【3】的意思，那么【3】中意思是 1).将多电荷峰去卷积，得到单电荷峰; 还是 2).把多电荷蛋白峰变成0电荷的峰，因此只有一个peak,横坐标对应于蛋白的分子量。 【即 是将多电荷峰变为单电荷峰，还是变为0电荷峰？】  Fig2ab.gif  Fig2c.gif |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有13人回复
-
2025年遐想
已经有5人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助ESI质谱图解释
已经有13人回复
★
我爱开组会: 金币+1, 博学EPI+1, ★有帮助, 我只是在qq上问了我们导师，导师给我的是第三种解释。我还想看看有没有其他的回答。我没问之前也是认为是第二个解释。但是你看图c和图b，c中的17567峰在图b上看不到明显的峰啊只有一个1760.1。 后来我又想了一个进一步的解释：是不是把谱图中所有多电荷蛋白峰拟合成不带电荷的被ESI离子源打碎前的原有蛋白峰？ 2013-11-17 08:24:05
xinmor: 博学EPI-1, epi收回发给最佳答案 2013-11-30 08:22:34
我爱开组会: 金币+1, 博学EPI+1, ★有帮助, 我只是在qq上问了我们导师，导师给我的是第三种解释。我还想看看有没有其他的回答。我没问之前也是认为是第二个解释。但是你看图c和图b，c中的17567峰在图b上看不到明显的峰啊只有一个1760.1。 后来我又想了一个进一步的解释：是不是把谱图中所有多电荷蛋白峰拟合成不带电荷的被ESI离子源打碎前的原有蛋白峰？ 2013-11-17 08:24:05
xinmor: 博学EPI-1, epi收回发给最佳答案 2013-11-30 08:22:34
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2013-11-16 22:50:19
rainandstar
银虫 (小有名气)
- 博学EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 315.5
- 红花: 2
- 帖子: 91
- 在线: 69.8小时
- 虫号: 1385353
- 注册: 2011-08-31
- 专业: 质谱分析
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我爱开组会: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 大神！ 谢谢 2013-11-19 13:38:42
xinmor: 博学EPI+1, 欢迎应助 2013-11-30 08:22:46
我爱开组会: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 大神！ 谢谢 2013-11-19 13:38:42
xinmor: 博学EPI+1, 欢迎应助 2013-11-30 08:22:46
|
楼主，你好，可以翻译成去卷积（仪器公司的工程师一般也这么说），意思就是你说的【3】。我来详细解释一下。 1，分子量为M的蛋白质在电喷雾条件下一般是带多电荷的，比[M+7H]7+，[M+8H]8+...[M+12H]12+，等； 2，那么这个时候就有一个问题，蛋白质的分子量M到底是多少?这个时候就需要去卷积了，根据具体的多电荷的质谱峰对应的m/z的值，就可以反推回M的值（数学过程是解二元一次方程组的过程，具体推导过程可以找本书看一下，很简单）； 3，针对你实际贴出来的这个图，fig （a）与你的问题没有任何关系。fig （b）是电喷雾实际得到的结果，请注意：legends里专门说了同一个蛋白质有两组峰，即 more “native-like” (○) ，表示更接近蛋白变性程度相对较轻，也就是说带的电荷更少；and a more unfolded (●) conformation，表示蛋白变性程度更多，这种情况下蛋白带的电荷会更多。使用上述任何一组数据都可以通过去卷积过程得到蛋白质的分子量，也就是fig （c）的情况。 4，换一种说法，fig （c）不是电喷雾直接得到的数据，而是通过程序的数学计算之后得到的结果。 5，实际上在电喷雾发展的早期（90年代），去卷积功能都是人工算的；无非是后来技术成熟了，就内嵌到程序里了。 6，建议楼主仔细看下这两个方向：（1）MS based proteomics；（2）application of ESI，（3）仪器的说明书（不要小看他）；书和综述都很多。Mann在2003年前后的nature或者science上有个很基础的综述，引用次数应该接近3000次了，推荐你看一下，按照（1）的关键词就可以找到。 |
3楼2013-11-18 23:51:13