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康昱盛

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专业: 生物信息学

[交流] MOE 2013.08新版本发布已有2人参与

近期加拿大化学计算集团（CCG）发布了MOE最新版本MOE 2013.08。该版本的更新主要集中在药效团发现、Loop和Linker建模、蛋白比对和叠合、核心系统改进（64位支持）、CCDC Mogul接口、使用3D-RISM溶剂分析增强功能等。以下是详细的更新内容。

2013.08新版本功能
扩展Hückel 理论用于药效团发现
● 应用EHT强度确认并发现强\弱相互作用
● 注释非标准相互作用: 卤键和CH键供体
● 使用相互作用能量和对药效团筛选结果进行打分
Loop和Linker建模
● 采用全新模建或基于知识的方法搜索或浏览loop候选
● 产生多个loop构象并对loop-loop相互作用进行打分
● 构建融合蛋白或是抗体可变结构域linker
蛋白比对和叠合
● 不依赖序列信息的结构叠合
● 应用新的模板指认方法用于序列结构比对
● 用于STOVCA准则进行序列比对和结构叠合
核心系统改进 (64位支持)
● 在 System Manager中新增分组选项
● 计算性能增强，同时处理大量蛋白-配体复合物
● 根据数据值对数据库单元进行着色
CCDC  Mogul 接口
● 获取小分子结晶数据
● 查看键长、键角和二面角的统计直方图
● 确保配体构象与CSD结晶数据保持一致
使用 3D-RISM 溶剂分析增强功能
● 计算全蛋白或是蛋白-蛋白界面的水密度分布
● 精确放置水分子并进行热稳定性分析
● 使用3D-RISM 验证结晶结构中水分子位置

近两年，我们公司在分子模拟药物设计方面积累了不少经验，也根据客户的需求开发了不少拓展功能，主要包含以下几大功能。
康昱盛科技开发拓展功能
● 通过快速采样方法搜索饱和环构象
● 计算Fukui函数评估每个原子的反应活性
● 通过分析抗体三维结构，确定经典保守残基
● 搜索Human Germline V Gene数据库，确认人源化模板

针对新版本改进的功能，我公司将于2014年1月9日举行新版本培训班，详情请见http://www.cloudscientific.com/Detail/Activity/38.html

[ Last edited by 康昱盛 on 2013-11-15 at 15:44 ]

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