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MOE 2013.08新版本发布 已有2人参与
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近期加拿大化学计算集团（CCG）发布了MOE最新版本MOE 2013.08。该版本的更新主要集中在药效团发现、Loop和Linker建模、蛋白比对和叠合、核心系统改进（64位支持）、CCDC Mogul接口、使用3D-RISM溶剂分析增强功能等。以下是详细的更新内容。 2013.08新版本功能 扩展Hückel 理论用于药效团发现 ● 应用EHT强度确认并发现强\弱相互作用 ● 注释非标准相互作用: 卤键和CH键供体 ● 使用相互作用能量和对药效团筛选结果进行打分 Loop和Linker建模 ● 采用全新模建或基于知识的方法搜索或浏览loop候选 ● 产生多个loop构象并对loop-loop相互作用进行打分 ● 构建融合蛋白或是抗体可变结构域linker 蛋白比对和叠合 ● 不依赖序列信息的结构叠合 ● 应用新的模板指认方法用于序列结构比对 ● 用于STOVCA准则进行序列比对和结构叠合 核心系统改进 (64位支持) ● 在 System Manager中新增分组选项 ● 计算性能增强，同时处理大量蛋白-配体复合物 ● 根据数据值对数据库单元进行着色 CCDC Mogul 接口 ● 获取小分子结晶数据 ● 查看键长、键角和二面角的统计直方图 ● 确保配体构象与CSD结晶数据保持一致 使用 3D-RISM 溶剂分析增强功能 ● 计算全蛋白或是蛋白-蛋白界面的水密度分布 ● 精确放置水分子并进行热稳定性分析 ● 使用3D-RISM 验证结晶结构中水分子位置 近两年，我们公司在分子模拟药物设计方面积累了不少经验，也根据客户的需求开发了不少拓展功能，主要包含以下几大功能。 康昱盛科技开发拓展功能 ● 通过快速采样方法搜索饱和环构象 ● 计算Fukui函数评估每个原子的反应活性 ● 通过分析抗体三维结构，确定经典保守残基 ● 搜索Human Germline V Gene数据库，确认人源化模板 针对新版本改进的功能，我公司将于2014年1月9日举行新版本培训班，详情请见http://www.cloudscientific.com/Detail/Activity/38.html [ Last edited by 康昱盛 on 2013-11-15 at 15:44 ] |
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