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microRNA靶标数据库和识别软件资源大全
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以下是整理的microRNA靶标数据库和软件资源列表，希望对microRNA的研究者有所帮助。 （1）starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。 网址：http://starbase.sysu.edu.cn/ （2）miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml （3）ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ （4）Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月（v5）。网址：http://microrna.gr/tarbase/ （5）miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。网址：http://mirecords.biolead.org/ （6）targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月（v5.1）. 网址：http://www.targetscan.org/ （7）PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。网址：http://pictar.mdc-berlin.de/ （8）PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （9）RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html （10）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do （11）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （12）miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html （13）miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ （14）MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ （15）miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://mirdb.org/miRDB/ （16）RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：v2.1。网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ （17）miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html [ Last edited by yjhua2110 on 2013-11-14 at 10:48 ] |
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