24小时热门版块排行榜    

查看: 4219  |  回复: 6

化工男屌丝

新虫 (小有名气)

[求助] 如何建立MOF模型?CO2、N2等气体模型如何建立?

本人正在尝试应用Material Studio 6.0软件,进行二氧化碳、氮气等气体吸附的分子模拟研究,但我在今年8月才第一次接触到计算化学领域,对如何建立模型了解非常少,所以,希望有人能够解答如何建立MOF及各气体分子模拟模型,本人感激不尽!谢谢!
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zengchangan

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-10 14:30:26
你要先优化被吸附的原子和被优化的表面,然后把被吸附的原子吸附到表面,做优化计算。当然其中的过程很麻烦,具体到表面有很多表面,每个表面又要优化不同的真空层厚度,好好加油吧
苦心专研奋力拼搏,天道酬勤,好好加油吧!
2楼2013-11-10 09:58:09
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-10 14:31:04
MOF模型,从CIF导,如果是没有的结构,自己画吧,不过不容易。
气体分子模型,手画,需要表征到非极性气体分子的四级矩,例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改(一般是Dreiding力场)参数即可。
另外LZ,你想问的问题在很多帖子里面都有,而且我现在觉得如果完全讲很复杂很痛苦,所以写得很简单,你不如花点时间按照搜索结果逐帖子翻阅学习吧。
此外LS,你说的那个是例如Pd表面的气体吸附,如果是MOF,还用不着那么做,因为是考虑孔内的气体吸附,而不是大到需要建立真空层的程度。
Yağma!Yağma!Yağma!
3楼2013-11-10 12:46:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ligesi

银虫 (小有名气)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-22 14:33:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by Voland at 2013-11-10 12:46:55
MOF模型,从CIF导,如果是没有的结构,自己画吧,不过不容易。
气体分子模型,手画,需要表征到非极性气体分子的四级矩,例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改(一般是Dreiding力场)参数即可。
另外L ...

“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001
新手驾到,O(∩_∩)O哈哈~
4楼2013-11-21 21:15:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Voland

金虫 (小有名气)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢耐心指导! 2013-11-22 14:33:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by ligesi at 2013-11-21 21:15:23
“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001...

还有在该原子的Property上能改的都调成是0(电荷除外),另外,力场文件中,LJ参数必须留着。
PS:该分子模型不能做MD研究,有需要的请考虑别的方法。
Yağma!Yağma!Yağma!
5楼2013-11-21 21:20:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

化工男屌丝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ligesi at 2013-11-21 21:15:23
“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001...

您好,我想请问下,MS里面怎么修改LJ参数?因为如果Sorption调成与材料相对应的Dreiding 力场的话,那就不适用于CO2了啊,气体不是一般都采用Trappe力场么?我看这些有些糊涂,还求大神指教。
6楼2013-11-23 08:13:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

说好de

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Voland at 2013-11-21 21:20:07
还有在该原子的Property上能改的都调成是0(电荷除外),另外,力场文件中,LJ参数必须留着。
PS:该分子模型不能做MD研究,有需要的请考虑别的方法。...

您好,请问您的意思是N2分子不能进行分子动力学研究吗?
加油好姑娘!
7楼2014-12-30 17:17:18
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员gUvS0g 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 21:13 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 21:07 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:51 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:40 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:34 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:29 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:12 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 19:39 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 3/150 2026-11-10 16:43 by G2rhSvqvhNzl
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”:确已离世,正核实举报内容 +4 yexuqing 2026-11-04 6/300 2026-11-10 11:13 by susizheng
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-10 09:23 by 1yv6QACPoY1E
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见