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化工男屌丝

新虫 (小有名气)

[求助] 如何建立MOF模型?CO2、N2等气体模型如何建立?

本人正在尝试应用Material Studio 6.0软件,进行二氧化碳、氮气等气体吸附的分子模拟研究,但我在今年8月才第一次接触到计算化学领域,对如何建立模型了解非常少,所以,希望有人能够解答如何建立MOF及各气体分子模拟模型,本人感激不尽!谢谢!
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zengchangan

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-10 14:30:26
你要先优化被吸附的原子和被优化的表面,然后把被吸附的原子吸附到表面,做优化计算。当然其中的过程很麻烦,具体到表面有很多表面,每个表面又要优化不同的真空层厚度,好好加油吧
苦心专研奋力拼搏,天道酬勤,好好加油吧!
2楼2013-11-10 09:58:09
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-10 14:31:04
MOF模型,从CIF导,如果是没有的结构,自己画吧,不过不容易。
气体分子模型,手画,需要表征到非极性气体分子的四级矩,例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改(一般是Dreiding力场)参数即可。
另外LZ,你想问的问题在很多帖子里面都有,而且我现在觉得如果完全讲很复杂很痛苦,所以写得很简单,你不如花点时间按照搜索结果逐帖子翻阅学习吧。
此外LS,你说的那个是例如Pd表面的气体吸附,如果是MOF,还用不着那么做,因为是考虑孔内的气体吸附,而不是大到需要建立真空层的程度。
Yağma!Yağma!Yağma!
3楼2013-11-10 12:46:55
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ligesi

银虫 (小有名气)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-22 14:33:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by Voland at 2013-11-10 12:46:55
MOF模型,从CIF导,如果是没有的结构,自己画吧,不过不容易。
气体分子模型,手画,需要表征到非极性气体分子的四级矩,例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改(一般是Dreiding力场)参数即可。
另外L ...

“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001
新手驾到,O(∩_∩)O哈哈~
4楼2013-11-21 21:15:23
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Voland

金虫 (小有名气)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢耐心指导! 2013-11-22 14:33:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by ligesi at 2013-11-21 21:15:23
“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001...

还有在该原子的Property上能改的都调成是0(电荷除外),另外,力场文件中,LJ参数必须留着。
PS:该分子模型不能做MD研究,有需要的请考虑别的方法。
Yağma!Yağma!Yağma!
5楼2013-11-21 21:20:07
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化工男屌丝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ligesi at 2013-11-21 21:15:23
“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001...

您好,我想请问下,MS里面怎么修改LJ参数?因为如果Sorption调成与材料相对应的Dreiding 力场的话,那就不适用于CO2了啊,气体不是一般都采用Trappe力场么?我看这些有些糊涂,还求大神指教。
6楼2013-11-23 08:13:32
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说好de

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Voland at 2013-11-21 21:20:07
还有在该原子的Property上能改的都调成是0(电荷除外),另外,力场文件中,LJ参数必须留着。
PS:该分子模型不能做MD研究,有需要的请考虑别的方法。...

您好,请问您的意思是N2分子不能进行分子动力学研究吗?
加油好姑娘!
7楼2014-12-30 17:17:18
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