24小时热门版块排行榜    

查看: 4018  |  回复: 6

化工男屌丝

新虫 (小有名气)

[求助] 如何建立MOF模型?CO2、N2等气体模型如何建立?

本人正在尝试应用Material Studio 6.0软件,进行二氧化碳、氮气等气体吸附的分子模拟研究,但我在今年8月才第一次接触到计算化学领域,对如何建立模型了解非常少,所以,希望有人能够解答如何建立MOF及各气体分子模拟模型,本人感激不尽!谢谢!
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zengchangan

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-10 14:30:26
你要先优化被吸附的原子和被优化的表面,然后把被吸附的原子吸附到表面,做优化计算。当然其中的过程很麻烦,具体到表面有很多表面,每个表面又要优化不同的真空层厚度,好好加油吧
苦心专研奋力拼搏,天道酬勤,好好加油吧!
2楼2013-11-10 09:58:09
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-10 14:31:04
MOF模型,从CIF导,如果是没有的结构,自己画吧,不过不容易。
气体分子模型,手画,需要表征到非极性气体分子的四级矩,例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改(一般是Dreiding力场)参数即可。
另外LZ,你想问的问题在很多帖子里面都有,而且我现在觉得如果完全讲很复杂很痛苦,所以写得很简单,你不如花点时间按照搜索结果逐帖子翻阅学习吧。
此外LS,你说的那个是例如Pd表面的气体吸附,如果是MOF,还用不着那么做,因为是考虑孔内的气体吸附,而不是大到需要建立真空层的程度。
Yağma!Yağma!Yağma!
3楼2013-11-10 12:46:55
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ligesi

银虫 (小有名气)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-22 14:33:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by Voland at 2013-11-10 12:46:55
MOF模型,从CIF导,如果是没有的结构,自己画吧,不过不容易。
气体分子模型,手画,需要表征到非极性气体分子的四级矩,例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改(一般是Dreiding力场)参数即可。
另外L ...

“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001
新手驾到,O(∩_∩)O哈哈~
4楼2013-11-21 21:15:23
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Voland

金虫 (小有名气)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢耐心指导! 2013-11-22 14:33:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by ligesi at 2013-11-21 21:15:23
“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001...

还有在该原子的Property上能改的都调成是0(电荷除外),另外,力场文件中,LJ参数必须留着。
PS:该分子模型不能做MD研究,有需要的请考虑别的方法。
Yağma!Yağma!Yağma!
5楼2013-11-21 21:20:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

化工男屌丝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ligesi at 2013-11-21 21:15:23
“例如N2,在中间添加无质量的原子,再在力场中修改” ----在中间添加无质量原子,是否就是用画三个原子,两边是N原子,中间用其他的原子代替,然后在立场文件中把这个原子的Mass改为0.000001...

您好,我想请问下,MS里面怎么修改LJ参数?因为如果Sorption调成与材料相对应的Dreiding 力场的话,那就不适用于CO2了啊,气体不是一般都采用Trappe力场么?我看这些有些糊涂,还求大神指教。
6楼2013-11-23 08:13:32
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

说好de

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Voland at 2013-11-21 21:20:07
还有在该原子的Property上能改的都调成是0(电荷除外),另外,力场文件中,LJ参数必须留着。
PS:该分子模型不能做MD研究,有需要的请考虑别的方法。...

您好,请问您的意思是N2分子不能进行分子动力学研究吗?
加油好姑娘!
7楼2014-12-30 17:17:18
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员gUvS0g 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 让我中一个面上吧! +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+3 snowwithsea 2026-08-19 12/600 2026-08-20 15:56 by lfy8008
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见