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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » PBC下跑出水盒子的蛋白怎么弄回去。。。
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亍寞

金虫 (小有名气)

[求助] PBC下跑出水盒子的蛋白怎么弄回去。。。

输入文件里面iwrap=1写过了，但是VMD显示还是跑到外面去了。。。虽然听说本身没啥错误，但是之后取坐标以及做图都有问题啊。。。。

听说ambertool可以将这个弄回中心的，或者VMD里面怎么样能够显示在中心的也行啊。。。

求教。。。感谢～
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1楼 2013-11-07 14:19:28
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-11 10:27:37
亍寞: 金币+30 2013-11-11 11:06:49
cpptraj 自己写脚本了  不过vmd不是自动确定周期性么？
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2楼2013-11-11 10:16:17
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-11 10:16:17
cpptraj 自己写脚本了  不过vmd不是自动确定周期性么？

VMD状似没有。。。不过之前虽然已经简单解决。。。仍旧感谢
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-11 11:06:46
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qtpwrfs203
4楼2017-08-19 13:05:19
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