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wjmed

木虫 (正式写手)

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[资源] 分子对接软件HEX介绍

在前些日子发了一个AutoDock的使用札记
见 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=644156
一时手痒，再次把HEX使用方法总结放在这里。如果大家支持，我会逐渐把自己的软件使用心得拿出来给大家共享的。

HEX是运行在各个平台的分子对接软件，主要用于考察大分子之间的相互作用，对学术用户免费。
下载：
http://www.csd.abdn.ac.uk/hex/

分为如下几个版本：
windows
sgi
linux（rh9）
linux（fc4）

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
HEX的安装
对于linux（fc4）版本安装，需要文件：
hex-4e-rt.tgz 数据文件，各个平台都需要
hex-4e-lnx-fc4.tgz 可执行文件，用于intel fc4平台。
对于readme中提到的hex_configure.bin文件，其实是调用上述两个文件，所以手动安装的情况下不需要该文件。
#cd /usr/local
#mkdir hex
#tar zxvf 路径/hex-4e-lnx-fc4.tgz 释放出exe目录，其中有两个可执行文件。
#tar zxvf 路径/hex-4e-rt.tgz 释放出其他目录。
#vi /etc/bashrc 编辑/etc/bashrc文件，添加如下信息：
export HEX_ROOT = /usr/local/hex # required
#export HEX_PDB= /home/dritchie/pdb
#export HEX_MACROS=
#export HEX_COLOUR=
#export HEX_DATA=
export HEX_CACHE= /tmp/hex_cache
export HEX_STARTUP= $HEX_ROOT/examples/startup.mac
export HEX_CPUS= 2
export HEX_MESSAGES= yes
export HEX_STEREO= yes
PATH = $PATH:$HEX_ROOT/bin
:wq　保存退出。
安装完毕。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
使用非常简单，图形界面，分别输入两个蛋白，然后运行就可以了。

[ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 09:01 ]

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