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upc穆宁

新虫 (小有名气)

[交流] 文献上一句话不是很明白,求指导 已有2人参与

文献中的一句话,最后一句话不明白,希望大神指导一下A 5-ps MD simulation was then performed using 3-D periodic boundaries and keeping the position of the water molecules fixed; this was followed by a further 5 ps in which all molecules were mobile, (but the mass of the water molecules had been increased by a factor of 10.)

[ Last edited by upc穆宁 on 2013-11-5 at 22:30 ]
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ferlich at 2013-11-06 16:52:23
相当于给水加上一个限制力,限制水分子的运动
因为水分子质量增加了,但水分子和其他分子之间的作用力不变,这样水分子运动时受到的加速度就相当于原来的十分之一,等同于给水分子加上一个外力来限制其运动...

恩,那在MS中怎样去实现呢?我该怎样操作呢?
5楼2013-11-06 18:31:05
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fangsteel

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-06 09:47:33
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-11-08 16:02:07
就是说总共有10ps的三维周期性边界条件下的MD运行,前5个ps保持水分子位置恒定不变,但后面5个ps所有分子都是可移动的,但这个时候是把水分子的质量加大到了原来的十倍。
gromacs
2楼2013-11-05 22:49:43
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-11-05 22:49:43
就是说总共有10ps的三维周期性边界条件下的MD运行,前5个ps保持水分子位置恒定不变,但后面5个ps所有分子都是可移动的,但这个时候是把水分子的质量加大到了原来的十倍。

谢谢,最后”水分子的质量增大到原来的十倍“是什么意思呀?
3楼2013-11-06 16:25:29
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ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-11-08 16:02:22
本帖内容被屏蔽

4楼2013-11-06 16:52:23
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