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绍敏郡主

木虫 (著名写手)

[交流] 请问虚频问题

优化得到一个结构，有一个-11的虚频。
请问如何能将虚频去掉？
这个虚频对应于金属原子的左右摆动。

[ Last edited by 绍敏郡主 on 2013-11-4 at 22:34 ]
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1楼 2013-11-04 12:23:15
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
gmy1990: 金币+1 2013-11-04 21:58:14
绍敏郡主: 金币+5 2013-11-05 10:46:49
将分子向按虚频坐标移动一点再优化
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2楼2013-11-04 12:46:23
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freedom767

铁虫 (知名作家)
★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
Good luck
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3楼2013-11-04 13:01:57
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youdao1

铁虫 (知名作家)
★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
Best wishes
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4楼2013-11-04 13:05:05
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pigit9999

铁虫 (知名作家)
★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
Good luck
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5楼2013-11-04 13:05:10
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-04 12:46:23
将分子向按虚频坐标移动一点再优化

谢谢
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6楼2013-11-04 13:05:34
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oneday1234

铁虫 (知名作家)
★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
愿楼主心想事成
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7楼2013-11-04 13:06:04
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god0729

铁虫 (知名作家)
★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
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8楼2013-11-04 13:07:03
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marson

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
绍敏郡主: 金币+5 2013-11-05 10:46:59
将虚频对应的坐标提取出来乘以系数0.2，然后与优化后的坐标相加，作为初始坐标，重新优化~可消虚频，原理与将分子构型向虚频方向移动一点一样~
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11楼2013-11-05 10:37:45
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by marson at 2013-11-05 10:37:45
将虚频对应的坐标提取出来乘以系数0.2，然后与优化后的坐标相加，作为初始坐标，重新优化~可消虚频，原理与将分子构型向虚频方向移动一点一样~

谢谢。
我这样做了以后确实就没有虚频了。
在计算频率之前，优化已经收敛了，4个都是yes，但是频率计算完以后，又变成前两个yes后两个no，请问这是怎么回事。后两个与收敛标准差的很远。
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12楼2013-11-05 11:05:51
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marson

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-05 11:05:51
谢谢。
我这样做了以后确实就没有虚频了。
在计算频率之前，优化已经收敛了，4个都是yes，但是频率计算完以后，又变成前两个yes后两个no，请问这是怎么回事。后两个与收敛标准差的很远。...

是否正常终止？如果你感觉结果不满意的话你可以试试原先的乘以系数0.1~
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13楼2013-11-05 21:40:03
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by marson at 2013-11-05 21:40:03
是否正常终止？如果你感觉结果不满意的话你可以试试原先的乘以系数0.1~...

是正常终止的。不过，频率计算后又进行的一步优化，Displacement和RMS Displacement不收敛且数值远大于收敛判据
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14楼2013-11-05 22:00:55
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marson

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-05 22:00:55
是正常终止的。不过，频率计算后又进行的一步优化，Displacement和RMS Displacement不收敛且数值远大于收敛判据...

我一般正常终止的话就不考虑那两项了，另外我建议你不满意的话可以试试系数0.1的结果~
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15楼2013-11-05 22:20:23
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绍敏郡主

木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by marson at 2013-11-05 22:20:23
我一般正常终止的话就不考虑那两项了，另外我建议你不满意的话可以试试系数0.1的结果~...

多谢
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16楼2013-11-05 22:23:08
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virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
绍敏郡主: 金币+5, 谢谢指导 2013-11-05 23:56:56
gkf高: 金币+3 2013-11-06 21:35:23
引用回帖:
12楼: Originally posted by 绍敏郡主 at 2013-11-04 22:05:51
谢谢。
我这样做了以后确实就没有虚频了。
在计算频率之前，优化已经收敛了，4个都是yes，但是频率计算完以后，又变成前两个yes后两个no，请问这是怎么回事。后两个与收敛标准差的很远。...

之前优化是用猜测的二阶导数，所以步长小。你有一个很浅的势能面，曲率很小，而一个方向上的步长基本上等于导数除以曲率，所以计算正确的曲率后步长变大了。你可以读入算出的频率重新优化；这么小的频率建议加上opt=tight和int=ultrafine选项。

如果曲率太小，步长太大可能会出现震荡的情况，出现这种情况建议你沿着这个振动模式的方向先扫描一个一维势能曲线，然后从这曲线上的最低点开始搜索。
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17楼2013-11-05 23:16:44
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简单回复
求不重复9楼
2013-11-04 13:38   回复  
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
祝福
upc1013130910楼
2013-11-04 21:19   回复  
绍敏郡主(金币+1): 谢谢参与
飘雪h18楼
2013-11-06 09:25   回复  
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