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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » NEB的计算出现负值，测试的其他能量都比初始的00和终止的10低
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 身在长沙 at 2013-11-04 16:37:21
谢谢你的回复，我的初末位置弛豫用的INCAR都是如下的
SYSTEM =W-bcc
ENCUT = 400
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = 2
NSW = 100 ; IBRION =2
ISIF = 2
EDIFF = 1E-04 ; EDIFFG = -1E-02
LREAL= Auto
...

贴出来 POSCAR看看 INCAR没啥问题
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11楼2013-11-04 21:23:21
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身在长沙

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-11-04 21:23:21
贴出来 POSCAR看看 INCAR没啥问题...

谢谢你的关注！我的POSCAR是用计算出来的CONTCAR直接拷贝过来的具体如下：
W                        
   1.00000000000000     
     6.3299999237000000    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    6.3299999237000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    6.3299999237000000
  16   1
Direct
  0.0000000000000000 -0.0040008435774048 -0.0033687538950209
  0.0000000000000000 -0.0040008435774048  0.5033687538950209
  0.0000000000000000  0.5013936552370017 -0.0015767476815992
  0.0000000000000000  0.5013936552370017  0.5015767476815992
  0.5000000000000000  0.0008188547266570 -0.0006594841943691
  0.5000000000000000  0.0008188547266570  0.5006594841943691
  0.5000000000000000  0.5116831764744884 -0.0209389094477978
  0.5000000000000000  0.5116831764744884  0.5209389094477979
  0.2290610905522022  0.2383168235255117  0.2500000000000000
  0.2484232523184008  0.2486063447629983  0.7500000000000000
  0.2493405158056309  0.7491811452733428  0.2500000000000000
  0.2466312461049791  0.7540008435774049  0.7500000000000000
  0.7709389094477979  0.2383168235255117  0.2500000000000000
  0.7515767476815992  0.2486063447629983  0.7500000000000000
  0.7506594841943691  0.7491811452733428  0.2500000000000000
  0.7533687538950209  0.7540008435774049  0.7500000000000000
  0.5000000000000000  0.3750000000000000  0.2500000000000000

  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
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  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
  0.00000000E+00  0.00000000E+00  0.00000000E+00
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12楼2013-11-05 18:38:29
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身在长沙

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zjh-111 at 2013-11-04 18:40:42
嗯，我都是自己写，你可以上官网下个最新的看看，要么你那个脚本贴出来给我看看
一般情况我觉得问题不大，很可能就是把负号当正号就行了
...

谢谢你的持续关注，感觉您是个高手，麻烦你指导指导。谢谢 我的脚本太大，我传上来。麻烦你了。
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  • 附件 1 : nebbarrier.pl
    • 2013-11-05 18:50:05, 3.56 K
  • 附件 2 : nebmake.pl
    • 2013-11-05 18:50:25, 5.2 K
13楼2013-11-05 18:50:04
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身在长沙

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zjh-111 at 2013-11-04 16:13:14
我的感觉是nebbarrier.pl的脚本的问题，因为我之前跑NEB的时候就发现脚本各种错误，我觉得只要你确定初终态是正确的，过渡态符合常理就可以了

我的脚本都穿上来了，麻烦大神一点时间帮我看看，不胜感激！
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14楼2013-11-05 18:51:58
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zjh-111

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by 身在长沙 at 2013-11-05 18:50:04
谢谢你的持续关注，感觉您是个高手，麻烦你指导指导。谢谢 我的脚本太大，我传上来。麻烦你了。...

我实在不是什么高手，才跑NEB没多久。。。
nebbarrier.pl 里面能量有关部分是

    $energy = `grep 'energy  w' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
#    $dist = `grep 'NEB: distance' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
    $force = `grep 'NEB: projections' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
    if ($ssneb_flag =~ /T/){
        $force = `grep 'NEBCELL: projections' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
    };

    $energy =~ s/\s+$//g;
    @energy = split(/\s+/,$energy);
    $energy = $energy[@energy-1];

    if ($i==0) { $energy0 = $energy; }
    $energy -= $energy0;

取的是OUTCAR里面energy(sigma->0) = 之后的数值，然后跟00文件夹下的OUTCAR里面的能量相减得到的值。两个脚本都没什么问题。你可以进各个文件夹用 grep energy OUTCAR 搜一搜，看看数据，然后用它的方法 grep 'energy  w' OUTCAR，应该就大概知道是什么问题了
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15楼2013-11-06 10:04:28
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liu-biao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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身在长沙: 金币+85, ★★★★★最佳答案, 我最后发现确实是版本问题。换成5.2的就可以了。。。算了，金币就给你吧 2013-11-12 18:35:19
版本问题 你换个版本就行了
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16楼2013-11-12 18:31:51
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身在长沙

新虫 (初入文坛)
谢谢。我的问题也解决了 换成5.2版本就行了。
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17楼2013-11-12 18:33:39
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AV兄

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 身在长沙 at 2013-11-12 18:33:39
谢谢。我的问题也解决了 换成5.2版本就行了。

是VASP换成5.2吗？可是我的VASP本来就是5.2啊 我算出来的过渡态能垒也比初态和末态低，怎么解决？
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欢迎光临我的 AI 社区 http://keepdl.org
18楼2015-10-10 21:00:35
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