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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » NEB的计算出现负值，测试的其他能量都比初始的00和终止的10低
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身在长沙

新虫 (初入文坛)

[求助] NEB的计算出现负值，测试的其他能量都比初始的00和终止的10低

问题如下：
1.计算NEB的方法：首先利用nebmake.pl产生初始终态结构，用xcrysden查看了路径没问题，然后对初始终态结构进行几何结构优化，接着采用优化后的能量构型进行NEB的计算，按照VASP manual上说明，在INCAR中设置如下：
ISTART = 0; ICHARG = 2
   ENCUT  = 400
   ISMEAR = 2
   LREAL=Auto
NELM=200
NSW=1000
EDIFFG=-0.02
LWAVE = F
LCHARG = F
ICHAIN=0
IMAGES=9
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE.
IBRION=3
POTIM=0
IOPT=7
算完之后用nebbarrier.pl产生的neb.dat如下：
0     0.000000     0.000000     0.000000   0
  1     0.151183    -2.145471    -0.242258   1
  2     0.302705    -2.106921    -0.362263   2
  3     0.452469    -2.051050    -0.403422   3
  4     0.603020    -2.012050    -0.282203   4
  5     0.753502    -1.992645     0.000084   5
  6     0.904120    -2.012146     0.253874   6
  7     1.054939    -2.051164     0.407455   7
  8     1.204729    -2.107090     0.352265   8
  9     1.356227    -2.145477     0.236853   9
10     1.507559     0.000000     0.000000  10
初末位置的能量我多次验算都是最低的，不知道是什么原因，求大神们不吝指教我这个新手！谢谢啦
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1楼 2013-11-04 12:04:11
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zjh-111

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by 身在长沙 at 2013-11-05 18:50:04
谢谢你的持续关注，感觉您是个高手，麻烦你指导指导。谢谢 我的脚本太大，我传上来。麻烦你了。...

我实在不是什么高手，才跑NEB没多久。。。
nebbarrier.pl 里面能量有关部分是

    $energy = `grep 'energy  w' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
#    $dist = `grep 'NEB: distance' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
    $force = `grep 'NEB: projections' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
    if ($ssneb_flag =~ /T/){
        $force = `grep 'NEBCELL: projections' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`;
    };

    $energy =~ s/\s+$//g;
    @energy = split(/\s+/,$energy);
    $energy = $energy[@energy-1];

    if ($i==0) { $energy0 = $energy; }
    $energy -= $energy0;

取的是OUTCAR里面energy(sigma->0) = 之后的数值，然后跟00文件夹下的OUTCAR里面的能量相减得到的值。两个脚本都没什么问题。你可以进各个文件夹用 grep energy OUTCAR 搜一搜，看看数据，然后用它的方法 grep 'energy  w' OUTCAR，应该就大概知道是什么问题了
赞一下 回复此楼
15楼2013-11-06 10:04:28
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liu-biao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
求楼下解决  我也遇到了 大神们 求支援
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2楼2013-11-04 12:16:40
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-04 13:53:17
你把03这个结构拿出来 做一下结构优化，看看是否能够回到00结构
不能的话，就是你初始结构没找对，也就是说没有找到能量最低结构
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3楼2013-11-04 12:43:21
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身在长沙

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-11-04 12:43:21
你把03这个结构拿出来 做一下结构优化，看看是否能够回到00结构
不能的话，就是你初始结构没找对，也就是说没有找到能量最低结构

谢谢你的回复，这个我做过了，弛豫之后又回到00结构了。而且我做到这个构型的能量最低位置与文献上的是一致的。我怀疑是参数设置那里出了问题，麻烦你再帮我看看。新手上路，请多多指教啊！
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-04 13:10:11
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