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[交流] ELK!这是卧薪尝胆,十月磨砺的节奏啊!(已上传Windows版)

ELK,作为免费的FP-LAPW代码,作为TD-DFT鼻祖级大牛实验室的作品,一直以来更新非常快,并且代码结构非常清晰,功能庞大,是难得的DFT佳品。
但是不知道是否是FP-LAPW的理论上比较难以实现突破,DFPT和Cell Relax一直都不存在(其实很久以前有人做过DFPT在FP-LAPW中的应用,但是并没有推广开来;至于Cell Relax,就从来没见过有代码说可以了,甚至于连个计算stress的LAPW代码都没听说),这点可以参考FP-LAPW最著名的商业代码Wien2k。
而ELK则在2012年5月21日发布了1.4.22后,持续一年多没有任何更新,险些以为ELK就要退出历史舞台了。
没想到,2013年6月底,ELK给我们带来了一个大的惊喜:density functional perturbation theory (DFPT) phonons now available; only for spin-unpolarised calculations at the moment; spin-polarisation will be added for the next release; use with task=205; still experimental and generates incorrect results for certain symmetries - we're still working on this; see the example 'Al-phonon-DFPT',同时,其实还有一个:hybrid functionals should now work with libxc (experimental)。要知道,以前的ELK虽然也可以挂LibXC,但是却只能用简单的LDA和GGA,无法使用Hybrid xc。这时的ELK还是个beta版。
没过几天,在2013年7月中旬,ELK更新到了2.1系列的最终版本2.1.25,去掉了beta字样。
对于一个文章中从来离不开声子的人,看到这里感觉已经非常开心了,因为有了DFPT,内存总算不是制约计算的障碍了。本以为ELK的惊喜会持续一段时间,没想到,ELK又很快升级了,这次的升级更是高大上了。
2013年9月20日,ELK发布了2.2.1版,该版除了除去之前2.1版本的很多bug之外,最大的成就,就是引入了Cell Relax:added full structural optimisation; setting 'latvopt=1' performs unconstrained optimisation of the lattice vectors; 'latvopt=2' performs iso-volumetric optimisation; see the example 'MgB2-lattice-opt'。从此,做晶格的弛豫(也就是所谓的优化),不再只是CASTEP、VASP、Abinit、PWscf这些Plane-Wave Pseudo-Potential代码的专利,也不用再为那么多赝势究竟选择哪个头疼,直接在ELK中进行优化即可了。或者说,如果对一些优化的结果有疑问,完全可以以ELK的结果作为一个参考。要知道,FP-LAPW的准确性可是非常有名的,不管是VASP还是Abinit和PWscf,出点PAW的赝势都是要跟FP-LAPW对比的。只是收费的VASP可以与Wien2k比,而免费的Abinit和PWscf只能跟ELK比。
PWPP方法的代码现在大行其道,占据了DFT文章的绝大部分,这一方面是由于号称Accurate DFT的LAPW速度相对较慢,也是由于LAPW代码的功能太少。现在计算机硬件的性能不断提升,ELK又很争气的加了很多PWPP中才有的功能,相信以后只用ELK就做全套文章的想法也很快可以实现。
弟兄们,还等什么,来学习ELK吧!下载地址:http://sourceforge.net/projects/elk/files/?source=navbar

上传了最新的ELK 2.2.5,已经使用MinGW自带的gfortran和gcc编译成支持32-bit Windows的可执行文件(需要把dll文件放在同文件夹或者C:\Windows下)。支持OpenMP。由于MinGW本身的一些问题,运行效率貌似没有直接用Intel Fortran for Windows编译出来的高。而且使用的BLAS和LAPACK库也都是自带的,不如MKL的给力。先凑合着测试一下吧,将来会把更好的编译版发上来的。[ Last edited by souledge on 2013-10-30 at 11:06 ]
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
souledge: 金币+1, 感谢纠正错误 2013-10-26 10:15:46
2012年5月21日发布了1.4.22后,持续一年多没有任何更新... 没想到,2012年6月底,ELK给我们带来了一个大的惊喜

度月如年,你也太着急了吧?
2楼2013-10-26 01:12:07
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引用回帖:
5楼: Originally posted by fyuewen at 2013-10-26 09:56:48
呵呵。souledge改行做广告员了?!

怎样?觉得我有潜质不?
6楼2013-10-26 10:16:08
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引用回帖:
27楼: Originally posted by fyuewen at 2013-10-30 14:03:32
可以的哈。

你为啥一定要弄到windows上面来捏?为了更好的人机对话?
我觉得在windows上面做计算子发挥不出硬件潜能和程序本身的设计优势啊

占用CPU忽高忽低,这个应该是可以优化好的...

Windows哪儿有什么更好的人机对话。
对我自己而言,在Windows下编译是种游戏,尤其用不支持POSIX的MinGW,编译PWscf时会有一些代码无法通过编译,这时自己去修改代码达到编译的目的,这不是很好玩么?
顺便,也给那些想试试除Materials Studio和MedeA外Linux下DFT软件,却始终胆小或者发懒(不管是脑子还是手脚了)的人一个尝试的机会。
话说,双系统的一台机器,用ifort编译的ELK在OpenMP环境下跑,于Server 2012 DC和CentOS 6.4下速度基本没什么区别(稍微有点,可能是因为Windows版的FFT用的是ELK自带的,但是Linux版的是用的MKL的FFTW3)。不过还是说回来,MinGW编译的ELK的效率真心低了那么一点点,不过好处是,很容易把LibXC加上去~
29楼2013-10-30 21:55:42
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franch: 金币+2, 鼓励交流。 2013-11-04 16:41:49
引用回帖:
35楼: Originally posted by chenyuchen at 2013-11-03 18:05:56
理论上不存在误差并不代表实际code不存在精度差异,似乎有人比较过vasp和abinit在计算某些性质(比如bandgap,lattice constant)方面的差异,所以我才会问elk和wien2k的精度差异。...

其实比较VASP和Abinit的计算性质差异是比较不科学的,因为两者的赝势从来没有互通过。说白了,除了VASP开发组的人,这个世界上没人知道VASP赝势的生成参数及赝势结构。所以拿着VASP跟Abinit比就不免有点apple比orange的意思了。
至于能比的话,用Abinit和PWscf到是可以比一比,用完全相同参数生成的NCPP,然后完全相同的计算参数。
而ELK和Wien2k,有赝势问题么?MT半径和valance state都可以自己修改的,修改成一样再比就可以了。

[ Last edited by souledge on 2013-11-3 at 18:11 ]
36楼2013-11-03 18:10:07
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普通回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2013-10-26 01:12:07
2012年5月21日发布了1.4.22后,持续一年多没有任何更新... 没想到,2012年6月底,ELK给我们带来了一个大的惊喜

度月如年,你也太着急了吧?

打错字了……是2013年6月底……
3楼2013-10-26 02:21:43
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独唱团

金虫 (正式写手)


这广告打的。。。很好!!!
4楼2013-10-26 09:49:28
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fyuewen

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
呵呵。souledge改行做广告员了?!
5楼2013-10-26 09:56:48
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
其实最主要的是速度和稳定性好多了.
7楼2013-10-26 10:54:00
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onion2440

银虫 (正式写手)


灌水的冲动
8楼2013-10-26 11:10:08
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天气就是风景

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
挺好,这软件值得学习学习
9楼2013-10-27 08:00:20
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
ELK计算稀土体系收敛怎么样?以前计算中发现,不少体系无法收敛
不过ELK的功能还是很不错的
10楼2013-10-27 13:39:29
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shihuangzhe

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 鼓励交流。 2013-10-28 21:40:38
souledge: 金币+1, 这个ZnO的弛豫不成功的案例可以单独开贴上elk.in讨论嘛~看起来比较有趣。 2013-10-30 10:48:12
最近一直在用,现在scf收敛速度快了很多,也稳定了很多,我试着用晶格优化功能,优化zno晶胞一直没有成功过,估计对六方的优化还需要改进,立方的似乎不错。另外,我用TB09算zno能带也一直没有办法收敛,不知道楼主有没有好的建议?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
11楼2013-10-27 14:00:11
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引用回帖:
10楼: Originally posted by identation at 2013-10-27 13:39:29
ELK计算稀土体系收敛怎么样?以前计算中发现,不少体系无法收敛
不过ELK的功能还是很不错的

版主身体力行给大家实验实验嘛~
12楼2013-10-27 14:13:02
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future_wl

木虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主会的软件真多,羡慕啊!
14楼2013-10-28 08:26:10
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cosfrist

木虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
看完楼主介绍后,很想学习学习ELK~
15楼2013-10-28 09:43:55
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fyuewen

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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6楼: Originally posted by souledge at 2013-10-26 10:16:08
怎样?觉得我有潜质不?...

哈哈。可以的。你买软件,我们会支持的。
16楼2013-10-28 11:59:56
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引用回帖:
16楼: Originally posted by fyuewen at 2013-10-28 11:59:56
哈哈。可以的。你买软件,我们会支持的。...

1,是买还是卖?2,是资金支持还是精神支持啊?
17楼2013-10-28 12:17:41
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chenyuchen

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 鼓励交流。 2013-10-28 21:40:49
souledge: 金币+1, 上面有人说到使用新版ELK优化ZnO不成功,如果他开贴讨论的话,欢迎用Wien2k来同时验证一下FP-LAPW的Cell Relax的效果。 2013-10-30 10:53:34
“只是收费的VASP可以与Wien2k比,而免费的Abinit和PWscf只能跟ELK比”
ELK和wien2k精度差多少?
Cell-relax在wien2k是可以做的
18楼2013-10-28 18:02:54
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fyuewen

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by souledge at 2013-10-28 12:17:41
1,是买还是卖?2,是资金支持还是精神支持啊?...

1. 卖
2. 如有需要,双管齐下
19楼2013-10-28 21:02:43
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引用回帖:
18楼: Originally posted by chenyuchen at 2013-10-28 18:02:54
“只是收费的VASP可以与Wien2k比,而免费的Abinit和PWscf只能跟ELK比”
ELK和wien2k精度差多少?
Cell-relax在wien2k是可以做的

ELK和Wien2k理论上不会存在精度差异。VASP和Abinit/PWscf也不会存在精度差异,如果有差异,差异来自于赝势。而ELK和Wien2k都是基于全电子势的,所以不太可能存在什么重大差异。
至于Wien2k,从官方文件中暂时没看到有很明确的cell-relax的说法。也没看到计算stress的相关说明。可能与自己不关心Wien2k有关吧。当然,Wien2k是能够做基于force的ion-relax的。
20楼2013-10-29 17:06:20
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引用回帖:
19楼: Originally posted by fyuewen at 2013-10-28 21:02:43
1. 卖
2. 如有需要,双管齐下...

那我得考虑赶快去找个兼职顺便卖卖软件啊,哈哈~
近来在使用MinGW编译Windows版的PWscf,由于MinGW不包含POSIX,所以无法编译MPI版本的。不过好在是把PWscf 5.0.2编译出来了~
声子计算还不错。不过用MinGW编译出来的代码感觉上明显不如直接用ifort for Windows编译出来的效率高,占CPU也是忽高忽低的……
21楼2013-10-29 17:09:48
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来个剧透,修正和测试过的5.0.3版相信很快就可以发出来了~
ELK!这是卧薪尝胆,十月磨砺的节奏啊!(已上传Windows版)
22楼2013-10-29 21:17:11
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panzky

银虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
souledge: 金币+1, 基本的编译参数,这个显然是要自己下点课外功夫去学习的东西……其实没什么好讲的,左边都是些宏而已,右边是宏的值和编译器的参数~ 2013-10-30 10:50:04
看了楼主的帖子后,很是激动,就决心加入Elk队伍和大家一起探讨了(尽管用过vasp,但对于Elk目前还是小弱啊),欣喜地告诉楼主,此楼下载的时候,版本号已经更新到2.2.5了。但是在make.inc这一步遇到了一个初级问题,该问题半个小时前已解决,并把解决方案回复到“求助elk并行编译!”帖子中,但是希望路过者看到的时候,顺便说说如下make.inc每项的含义,如何?

MAKE = make
F90 = gfortran
F90_OPTS = -O3 -ffast-math -funroll-loops -fopenmp
F77 = gfortran
F77_OPTS = -O3 -ffast-math -funroll-loops -fopenmp
AR = ar
LIB_SYS =
LIB_LPK = lapack.a blas.a
LIB_FFT = fftlib.a

[ Last edited by panzky on 2013-10-30 at 10:18 ]
23楼2013-10-29 22:11:47
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sunboyccc

铁杆木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
真的感觉像一个推销广告,不过挺不错
24楼2013-10-30 07:18:22
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shihuangzhe

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
22楼: Originally posted by souledge at 2013-10-29 21:17:11
来个剧透,修正和测试过的5.0.3版相信很快就可以发出来了~

!!, 这个消息好呀,期待着有大的惊喜。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
25楼2013-10-30 07:31:18
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引用回帖:
24楼: Originally posted by sunboyccc at 2013-10-30 07:18:22
真的感觉像一个推销广告,不过挺不错

还缺各种测试讨论啊~
26楼2013-10-30 11:16:53
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fyuewen

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
21楼: Originally posted by souledge at 2013-10-29 17:09:48
那我得考虑赶快去找个兼职顺便卖卖软件啊,哈哈~
近来在使用MinGW编译Windows版的PWscf,由于MinGW不包含POSIX,所以无法编译MPI版本的。不过好在是把PWscf 5.0.2编译出来了~
声子计算还不错。不过用MinGW编译 ...

可以的哈。

你为啥一定要弄到windows上面来捏?为了更好的人机对话?
我觉得在windows上面做计算子发挥不出硬件潜能和程序本身的设计优势啊

占用CPU忽高忽低,这个应该是可以优化好的
27楼2013-10-30 14:03:32
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fyuewen

金虫 (正式写手)


引用回帖:
26楼: Originally posted by souledge at 2013-10-30 11:16:53
还缺各种测试讨论啊~...

可以建立一个专门讨论的
28楼2013-10-30 14:04:43
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shlw0531

木虫 (正式写手)


goooood
30楼2013-10-31 06:18:31
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白菜胡萝卜

木虫 (正式写手)


学习了
31楼2013-10-31 13:06:10
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白菜胡萝卜

木虫 (正式写手)


学习了
32楼2013-10-31 13:08:03
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hezhu

金虫 (小有名气)


送红花一朵
同关注!
33楼2013-11-01 17:25:17
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chenyuchen

木虫 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
souledge: 金币+1, This is a definitely good news! 2013-11-04 16:57:32
引用回帖:
20楼: Originally posted by souledge at 2013-10-29 17:06:20
ELK和Wien2k理论上不会存在精度差异。VASP和Abinit/PWscf也不会存在精度差异,如果有差异,差异来自于赝势。而ELK和Wien2k都是基于全电子势的,所以不太可能存在什么重大差异。
至于Wien2k,从官方文件中暂时没看 ...

你说的Cell-relax是指改变lattice constants/angles吧?如果是这样的话,wien2k里面必然是可以算的。
34楼2013-11-03 18:03:38
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chenyuchen

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
20楼: Originally posted by souledge at 2013-10-29 17:06:20
ELK和Wien2k理论上不会存在精度差异。VASP和Abinit/PWscf也不会存在精度差异,如果有差异,差异来自于赝势。而ELK和Wien2k都是基于全电子势的,所以不太可能存在什么重大差异。
至于Wien2k,从官方文件中暂时没看 ...

理论上不存在误差并不代表实际code不存在精度差异,似乎有人比较过vasp和abinit在计算某些性质(比如bandgap,lattice constant)方面的差异,所以我才会问elk和wien2k的精度差异。
35楼2013-11-03 18:05:56
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wenwen2006

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有没有交流群啊,学习一下这个软件
37楼2014-02-26 02:54:28
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sg1840892613楼
2013-10-27 22:51   回复  
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