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yelverxm

金虫 (小有名气)

[交流] 求教高维QSAR

刚发现计算机模拟的板块,药物设计版面竟然没有贴啊。

我就发个问题请教下各位高手吧

本人最近正在学习4DQSAR,但是主要想利用4D的技术做个QSPR模型,但不知道采样的那些程序有现成的可利用的吗?

如果现编的话,本人还是有一定困难的啰
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In God we trust
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luai071

木虫 (著名写手)


小红豆(金币+1,VIP+0):感谢分享!辛苦了!
高维的QSAR我认为很大程度上还是概念性的,没有得到全面认可和普遍应用,如果想找已有的算法或程序的话,可以从查阅文献入手。
2楼2007-12-07 12:21:50
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yelverxm

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by luai071 at 2007-12-7 12:21:
高维的QSAR我认为很大程度上还是概念性的,没有得到全面认可和普遍应用,如果想找已有的算法或程序的话,可以从查阅文献入手。

我也觉得高维QSAR没有得到广泛认同,想Hopfinger提出4DQSAR之后,发的20多篇文章绝大部分还是他自己写的……

但是我觉得其作为一种解决构象敏感的方法,可以试下。

还得看论文去呀^^
In God we trust
3楼2007-12-08 02:11:47
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luai071

木虫 (著名写手)

是啊,前沿东西一定得靠自学,往往“权威”也不懂
4楼2007-12-10 14:22:00
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

呵呵,5D QSAR都已经出来喽


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,希望继续关注计算模拟版
Sylvie Ducki, Grant Mackenzie, Nicholas J. Lawrence, and James P. Snyder
Quantitative Structure-Activity Relationship (5D-QSAR) Study of Combretastatin-like Analogues as Inhibitors of Tubulin Assembly
J. Med. Chem., 48 (2), 457-465, 2005.

Vedani A, Dobler M.
5D-QSAR: the key for simulating induced fit?
J Med Chem. 2002. 45(11):2139-2149

Vedani A, Dobler M, Dollinger H, Hasselbach KM, Birke F, Lill MA.
Novel ligands for the chemokine receptor-3 (CCR3): a receptor-modeling study based on 5D-QSAR.
J Med Chem. 2005. 48(5):1515-1527
5楼2007-12-10 22:11:55
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yelverxm

金虫 (小有名气)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,希望继续关注计算模拟版
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2007-12-10 22:11:
Sylvie Ducki, Grant Mackenzie, Nicholas J. Lawrence, and James P. Snyder
Quantitative Structure-Activity Relationship (5D-QSAR) Study of Combretastatin-like Analogues as Inhibitors of Tubu ...

查了文献,其实6D的都出来了,但是,由于做的是QSPR模型,不需要考虑受体信息,所以只打算用4D的来消除构象选择所造成的误差。

目前只是设想,还请多多指教啊
In God we trust
6楼2007-12-11 02:50:14
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yelverxm

金虫 (小有名气)

未来QSAR的方向


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,希望继续关注计算模拟版
我个人的见解未来的QSAR发展应该还集中在两方面:

1.基于受体的QSAR模型,即RD-QSAR;
2.结构表征,即更有效描述子的构建;

偶今年大四,想尽量认清楚未来的发展趋势,谢谢大家指导啊,嘿嘿
In God we trust
7楼2007-12-11 03:10:27
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