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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pigrass at 2014-03-03 22:57:59
初步试下来可能是fix cartesian position的原因
教程中minimize操作解除了之前部分原子cartesian position的fix，minimize前后结构的能量表达式改变，所以虽然结构看起来一样，但是能量计算方式不同，结果不同

...

非常感谢您时间的付出。
如果按照教程来，我也发现“最后结构没有变化，但是out文件的能量不一样”，那么是不是可以认为，尽管out文件中显示能量有差异，但实际上原结构并没有被优化呢？
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11楼2014-03-04 08:27:01
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-04 16:51:11
引用回帖:
11楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-03-04 08:27:01
非常感谢您时间的付出。
如果按照教程来，我也发现“最后结构没有变化，但是out文件的能量不一样”，那么是不是可以认为，尽管out文件中显示能量有差异，但实际上原结构并没有被优化呢？...

我觉得是这么理解吧
结构是被优化了，只是正好优化后的结构和初始结构一致
因为原子位置限制的原因，所以两个结构能量有较大差异
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12楼2014-03-04 09:33:42
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

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月只蓝: 金币+50, ★★★很有帮助, 您终于选择应助，可以给你金币了。 2014-03-04 11:14:58
dis里初始结构和最终结果原子的限定状态不一样
在forcite里，初始结构fix，最终结构也限定了
这点上感觉dis不是很靠谱……

forcite数据
1、不限定原子
几何优化前后能量是差异不大
---- Initial structure ----
Total enthalpy                  : -21161.553598 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol
Total energy                    :      -21161.553598 kcal/mol
---- Final structure ----
Total enthalpy                  : -21218.565110 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol
Total energy                    :      -21218.565110 kcal/mol
2、限定原子
几何优化前后能量是差异不大
---- Initial structure ----
Total enthalpy                  : -4791.154883 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol
Total energy                    :       -4791.154883 kcal/mol
---- Final structure ----
Total enthalpy                  : -4819.258852 kcal/mol
  External pressure term        : 0.000000 kcal/mol
Total energy                    :       -4819.258852 kcal/mol
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13楼2014-03-04 09:53:35
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by pigrass at 2014-03-04 09:53:35
dis里初始结构和最终结果原子的限定状态不一样
在forcite里，初始结构fix，最终结构也限定了
这点上感觉dis不是很靠谱……

forcite数据
1、不限定原子
几何优化前后能量是差异不大
---- Initial structure  ...

https://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7004165&target=self&page=1
帮忙给这个帖子看看吧。
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14楼2014-03-04 11:16:19
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
昨天我也不知道为啥没有应助选项，就一个“只回复”和“送红花”
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15楼2014-03-04 13:04:22
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
15楼: Originally posted by pigrass at 2014-03-04 13:04:22
昨天我也不知道为啥没有应助选项，就一个“只回复”和“送红花”

哦，那是因为金币已经送完，主题已经完结，就只有以上选项。
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16楼2014-03-04 16:52:04
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