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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 一个重大疑惑求解答
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ck3369

铁虫 (小有名气)

[交流] 一个重大疑惑求解答 已有3人参与

大家好，我有一个疑惑想让各位帮我解答：我是个大学讲师，9月出来清华上博士，导师给的方向是用分子动力学的方法模拟自组装过程（我之前没有搞过计算，我以前是做实验的，当初只是觉得我们单位实验平台不好，搞搞理论可能自由度大一点）。可是，我来上博士才发现，其实分子模拟很费计算资源的，几百个核并行计算，gromacs可能也得要上百个核。这样的平台条件，不知道得多少钱？一般单位能满足不？如果我们单位不能满足这样的条件，我毕业回去怎么持续我的工作呢？难道一直用老板的计算资源，给老板打工吗？老板的学生也多，这样可行吗？我现在该怎么做？该换一个对计算资源要求低的（比如说，做量化，做模型等）方向呢，还是继续做这个方向？我很痛苦，请大家指点！
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ck3369

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1楼 2013-10-18 23:35:01
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
做蒙特卡洛吧，这个需求比MD低不少，一般5万以内的机器也能玩
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2楼2013-10-19 08:59:38
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你想得太多了，把现在的活干好就是了。至于以后独立工作的计算资源，不会成问题，硬件价格在下降，技术在提高，比如英伟达的GPU，英特尔的Xeon Phi
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3楼2013-10-19 12:02:44
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ck3369

铁虫 (小有名气)
非常感谢两位的解答。我是9月份刚刚入学接触这个东西的。我也很着急，因为我还没入门，想快点入门，我现在的看是，看了分子模拟的基本原理，正开始解除namd和gromacs软件的使用，不过我对linux系统不熟。对于那些硬件的价格，性能都不了解。我现在想着，要不做完分子模拟的课题后，也学一点量化计算的方法呢？这样掌握的技能又多一个。这个应该不要求很昂贵的计算资源吧？而且组里搞量化的人很多。拜托各位再次给我解答！谢谢！
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4楼2013-10-19 16:51:35
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大有大的算法，小有小的做法。
别纠结这问题了。这就不是问题。
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5楼2013-10-21 21:32:32
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by ck3369 at 2013-10-19 16:51:35
非常感谢两位的解答。我是9月份刚刚入学接触这个东西的。我也很着急，因为我还没入门，想快点入门，我现在的看是，看了分子模拟的基本原理，正开始解除namd和gromacs软件的使用，不过我对linux系统不熟。对于那些硬 ...

量化也是很费计算资源的。其实，做模拟，是不是费资源和体系与模型有关，而不是方法。
建议还是安心做MD模拟吧，人的精力是有限的
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6楼2013-10-22 09:36:36
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ck3369

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
谢谢！呵呵
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7楼2013-10-23 15:26:14
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