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ck3369

铁虫 (小有名气)

[交流] 一个重大疑惑求解答 已有3人参与

大家好,我有一个疑惑想让各位帮我解答:我是个大学讲师,9月出来清华上博士,导师给的方向是用分子动力学的方法模拟自组装过程(我之前没有搞过计算,我以前是做实验的,当初只是觉得我们单位实验平台不好,搞搞理论可能自由度大一点)。可是,我来上博士才发现,其实分子模拟很费计算资源的,几百个核并行计算,gromacs可能也得要上百个核。这样的平台条件,不知道得多少钱?一般单位能满足不?如果我们单位不能满足这样的条件,我毕业回去怎么持续我的工作呢?难道一直用老板的计算资源,给老板打工吗?老板的学生也多,这样可行吗?我现在该怎么做?该换一个对计算资源要求低的(比如说,做量化,做模型等)方向呢,还是继续做这个方向?我很痛苦,请大家指点!
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
做蒙特卡洛吧,这个需求比MD低不少,一般5万以内的机器也能玩
2楼2013-10-19 08:59:38
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sciencejoy

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你想得太多了,把现在的活干好就是了。至于以后独立工作的计算资源,不会成问题,硬件价格在下降,技术在提高,比如英伟达的GPU,英特尔的Xeon Phi
3楼2013-10-19 12:02:44
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ck3369

铁虫 (小有名气)

非常感谢两位的解答。我是9月份刚刚入学接触这个东西的。我也很着急,因为我还没入门,想快点入门,我现在的看是,看了分子模拟的基本原理,正开始解除namd和gromacs软件的使用,不过我对linux系统不熟。对于那些硬件的价格,性能都不了解。我现在想着,要不做完分子模拟的课题后,也学一点量化计算的方法呢?这样掌握的技能又多一个。这个应该不要求很昂贵的计算资源吧?而且组里搞量化的人很多。拜托各位再次给我解答!谢谢!
4楼2013-10-19 16:51:35
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wally8962

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大有大的算法,小有小的做法。
别纠结这问题了。这就不是问题。
5楼2013-10-21 21:32:32
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sciencejoy

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by ck3369 at 2013-10-19 16:51:35
非常感谢两位的解答。我是9月份刚刚入学接触这个东西的。我也很着急,因为我还没入门,想快点入门,我现在的看是,看了分子模拟的基本原理,正开始解除namd和gromacs软件的使用,不过我对linux系统不熟。对于那些硬 ...

量化也是很费计算资源的。其实,做模拟,是不是费资源和体系与模型有关,而不是方法。
建议还是安心做MD模拟吧,人的精力是有限的
6楼2013-10-22 09:36:36
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ck3369

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
谢谢!呵呵
7楼2013-10-23 15:26:14
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