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itismineok捐助贵宾 (正式写手)
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计算模拟在生物大分子结构功能研究中的应用！
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在生物学研究中蛋白质，DNA，RNA这些大分子的结构与功能的关系需要应用计算生物学的方法去解释起本质。对于一个研究分子生物学的人来说，非常希望了解，一个分子的构象在何种条件下发生变换，变换的速率（自由能）是多少！分子之间绑定的区域，绑定的速率（自由能）是多少？酶是如何催化底物发生修饰，裂解等反应的？ 这些问题可以通过计算的方法加以阐释，比如蛋白质的去折叠可以用SMD方法研究，蛋白质与配体的绑定可以用REMD方法研究，酶催化反应可应用QM／MM方法研究！ SMD方法--Software(NAMD) SMD方法的理论基础是Jarzynski证明了：不用考虑变换的速度，自由能变的指数值等于变换过程做功的指数值之和。Jarzynski的理论表明，那些做功少的轨道才是与真实自由能变最接近的，然而这些轨道在模拟中很少被sample到，主要原因是由于力常数(K)比较大，原子运动直接越过了这些势能较低的轨道。如果减小K值，不但会增加模拟的时间，也会增大做功的振荡幅度，而这种振荡是需要极力避免的。 REMD方法----Software(Charmm,or code by yourself) REMD(Random Expulsion Molecular Dynamics),是一种与SMD方法有点类似的，基本原理都是通过施加适当大小的外力使得分子在有限的时间内完成各种变换，SMD侧重计算自由能，REMD侧重获得最佳的转换路径。 QM/MM方法----Software(Tinker + Gaussian by zhang ying kai) 待续。。。。 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：建议开设计算化学的板块 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 相关主题：分子动力学软件使用感言 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=543040&fpage=1 相关主题：拼接两个蛋白质 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542632&fpage=1 相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 [ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 22:04 ] |
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snowgary
木虫 (正式写手)
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4楼2007-12-08 19:54:36
yalefield
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老汉一枚
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- 管辖: 计算模拟
这个方面属于“N不管”
★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):感谢积极的交流 :-) 欢迎常来
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(1) 信息学（Informatics）不管： 生物信息学、化学信息学 (2) 组学（-omics）不管： 基因组学、蛋白质组学、代谢组学...... (3) 计算化学（Computational chemistry）想管管不了： 量子化学嫌它大，Ab initio也好，Semi-emperical也好 分子力学嫌它粗，各种力场很复杂 密度泛函也难拿 (4) 动力学（Dynamics）和动理学/动态学（Kenetics） 微观的说不清 宏观的算不好 (5) 混合（Hybrid）法 中庸之道 兼容并纳 因此，才有 QM/MM SMD 介观（Meso-）方面如何？ |
2楼2007-12-05 19:41:16
itismineok
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3楼2007-12-05 20:17:30
