| 查看: 986 | 回复: 3 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
itismineok捐助贵宾 (正式写手)
|
[交流]
计算模拟在生物大分子结构功能研究中的应用！
|
|||
|
在生物学研究中蛋白质，DNA，RNA这些大分子的结构与功能的关系需要应用计算生物学的方法去解释起本质。对于一个研究分子生物学的人来说，非常希望了解，一个分子的构象在何种条件下发生变换，变换的速率（自由能）是多少！分子之间绑定的区域，绑定的速率（自由能）是多少？酶是如何催化底物发生修饰，裂解等反应的？ 这些问题可以通过计算的方法加以阐释，比如蛋白质的去折叠可以用SMD方法研究，蛋白质与配体的绑定可以用REMD方法研究，酶催化反应可应用QM／MM方法研究！ SMD方法--Software(NAMD) SMD方法的理论基础是Jarzynski证明了：不用考虑变换的速度，自由能变的指数值等于变换过程做功的指数值之和。Jarzynski的理论表明，那些做功少的轨道才是与真实自由能变最接近的，然而这些轨道在模拟中很少被sample到，主要原因是由于力常数(K)比较大，原子运动直接越过了这些势能较低的轨道。如果减小K值，不但会增加模拟的时间，也会增大做功的振荡幅度，而这种振荡是需要极力避免的。 REMD方法----Software(Charmm,or code by yourself) REMD(Random Expulsion Molecular Dynamics),是一种与SMD方法有点类似的，基本原理都是通过施加适当大小的外力使得分子在有限的时间内完成各种变换，SMD侧重计算自由能，REMD侧重获得最佳的转换路径。 QM/MM方法----Software(Tinker + Gaussian by zhang ying kai) 待续。。。。 以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供，转载请注明出处。 相关主题：建议开设计算化学的板块 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=540215&fpage=1 相关主题：分子动力学软件使用感言 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=543040&fpage=1 相关主题：拼接两个蛋白质 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542632&fpage=1 相关主题：分子动力学方法研究蛋白质与配体相互作用 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=542240 [ Last edited by woshilsh on 2009-6-13 at 22:04 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 科研之宝，所向披靡 |
» 猜你喜欢
【新加坡】纳米电子器件项目组有“联合培养博士生”名额
已经有2人回复
-
重庆交大材料学院26年硕士招生复试实施细则已出。欢迎加入光子学微结构与器件课题组。
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有227人回复
-
北工大宋晓艳教授团队招收2026年9月入学博士【学博和专博名额均有】！
已经有1人回复
-
天津城建大学理学院化学、环境工程、材料物理等方向接收10人
已经有0人回复
-
天津城建大学理学院化学、环境工程、材料物理等方向接收调剂，10人
已经有0人回复
-
计算与实验科学工程国际会议(8月7-11日,香港) 二维材料分会S5与声学换能器分会S8
已经有0人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂有论文
已经有4人回复
-
欢迎调剂到赣南师范大学智能制造与未来能源学院
已经有10人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
itismineok
捐助贵宾 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 537.8
- 散金: 50
- 帖子: 372
- 在线: 97.5小时
- 虫号: 425200
- 注册: 2007-07-22
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2007-12-05 20:17:30
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 计算强帖: 2
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
这个方面属于“N不管”
★ ★ ★
csfn(金币+3,VIP+0):感谢积极的交流 :-) 欢迎常来
csfn(金币+3,VIP+0):感谢积极的交流 :-) 欢迎常来
|
(1) 信息学（Informatics）不管： 生物信息学、化学信息学 (2) 组学（-omics）不管： 基因组学、蛋白质组学、代谢组学...... (3) 计算化学（Computational chemistry）想管管不了： 量子化学嫌它大，Ab initio也好，Semi-emperical也好 分子力学嫌它粗，各种力场很复杂 密度泛函也难拿 (4) 动力学（Dynamics）和动理学/动态学（Kenetics） 微观的说不清 宏观的算不好 (5) 混合（Hybrid）法 中庸之道 兼容并纳 因此，才有 QM/MM SMD 介观（Meso-）方面如何？ |
2楼2007-12-05 19:41:16
snowgary
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2505.7
- 红花: 1
- 帖子: 312
- 在线: 186.6小时
- 虫号: 283745
- 注册: 2006-10-08
- 性别: GG
- 专业: 生物化工与食品化工
4楼2007-12-08 19:54:36
