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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » 怎样在ins文件中做氢键？
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 怎样在ins文件中做氢键？

数据如下：
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O6W-H6WB       0.736    2.016   168.96    2.742    O8 [ x-1/2, -y+3/2, z+1/2 ]

O6W-H6WA       0.670    2.078   173.01    2.745    O2W [ x-1, y, z ]

O7W-H7WA       0.813    2.208   177.30    3.021    O5 [ x+1/2, -y+3/2, z+1/2 ]

O5W-H5WA       0.709    1.923   169.79    2.624    O8 [ x+1/2, -y+3/2, z+1/2 ]

O9W-H9WA       0.846    2.137   171.34    2.976    O2 [ x-1/2, -y+3/2, z-3/2 ]

O7W-H7WB       0.898    1.979   167.82    2.863    O7 [ x-1/2, -y+3/2, z+1/2 ]

O1W-H1WA       0.668    2.223   154.55    2.840    O3 [ -x, -y+1, -z+2 ]

O9W-H9WB       0.767    2.093   170.55    2.852    O3 [ x+1/2, -y+3/2, z-3/2 ]

O1W-H1WB       0.992    1.805   176.89    2.796    O4W [ -x+1, -y+1, -z+1 ]

O10W-H10A      0.782    1.991   160.65    2.740    O3
O10W-H10A      0.782    2.908   134.56    3.501    S2

O10W-H10W      0.734    2.012   179.46    2.746    O1W [ x-1, y, z ]

O2W-H2WB       0.910    1.857   171.70    2.760    O3W

O5W-H5WB       0.784    1.943   151.04    2.656    O7
O5W-H5WB       0.784    2.860   126.55    3.386    S1

O2W-H2WA       0.804    2.043   165.52    2.829    O7

O3W-H3WB       0.874    1.986   156.78    2.811    O1 [ x+1, y, z-1 ]

O4W-H4WB       1.011
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O4W:
   0.3172  0.5963  0.1458  O..O1W [ -x+1, -y+1, -z+1 ]  2.796   ------------------------------------------------------------------------------

O3W-H3WA       0.811    2.088   162.26    2.871    O6 [ x+1, y, z ]
O3W-H3WA       0.811    2.999   151.20    3.730    S1 [ x+1, y, z ]

O4W-H4WA       0.879    2.026   162.33    2.876    O1 [ x, y, z-1 ]

O8W-H8WA       0.748    1.927   170.50    2.668    O4 [ -x+1/2, y+1/2, -z+3/2 ]

O8W-H8WB       0.697    1.972   171.41    2.663    O4 [ x+1/2, -y+3/2, z-3/2 ]
O8W-H8WB       0.697    2.913   158.74    3.571    S2 [ x+1/2, -y+3/2, z-3/2 ]
我在Ins文件中
“htab
eviq $1
.
.
.
htab
O6W O8_$1
.
.
."
精修一下，发现在cif文件中没有产生氢键？
敬请高手能否示范一下，谢谢。
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1楼 2007-12-04 22:27:57
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douvei

金虫 (正式写手)
以O6W-H6WB       0.736    2.016   168.96    2.742    O8 [ x-1/2, -y+3/2, z+1/2 ]为例

EQIV      $1  x-1/2, -y+3/2, z+1/2
HTAB      O6W  O8_$1
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欢迎访问无机超分子论坛： http://15151.5d6d.com/ 晶体解析/软件下载/超分子配位化学-应有尽有！！！ 晶体论坛小木虫博客 http://blog.emuch.net/134386/
2楼2007-12-04 23:22:20
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)
方法是没有问题的，关键是对称操作对不，我看你的是PLaton的结果，Platon提供的对称操作我发现不正确，你需要找到正确的对称操作。
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3楼2007-12-05 08:31:14
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
谢谢，楼上二位高手相助，问题就是出在那里，按照您们的方法在Cif文件中产生了氢键。
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4楼2007-12-05 10:07:08
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