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nnipp金虫 (小有名气)
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质子化甲醛的NBO解释
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想借助NBO看看孤对电子离域对带电离子的稳定作用，得到了质子化甲醛的NBO结果，还是很多地方不明白，请各位指教。 1.HO-CH2+ 和H2C=O+H是一对共振结构，能否用gaussian分别优化得到这两个共振结构，目前我只得到了H2C=O+H，这一结果。 2.如果分析O原子上孤对电子离域并与C原子形成pi键的情况应该如何分析呢？ NBO部分结果如下： (Occupancy) Bond orbital/ Coefficients/ Hybrids --------------------------------------------------------------------------------- 3. (1.99418) BD ( 1) C 1 - O 4 ( 30.56%) 0.5528* C 1 s( 24.33%)p 3.10( 75.40%)d 0.01( 0.27%) -0.0001 -0.4858 -0.0852 0.0010 -0.8266 0.0729 0.0072 0.0621 -0.0153 -0.0015 -0.2473 -0.0035 0.0009 0.0020 -0.0247 0.0003 -0.0420 0.0186 ( 69.44%) 0.8333* O 4 s( 28.22%)p 2.54( 71.68%)d 0.00( 0.10%) 0.0000 -0.5311 -0.0098 0.0000 0.8221 -0.0039 -0.0007 -0.1205 -0.0144 0.0028 -0.1616 -0.0007 -0.0003 0.0165 -0.0006 -0.0019 -0.0200 0.0180 4. (1.99487) BD ( 2) C 1 - O 4 ( 22.27%) 0.4720* C 1 s( 5.13%)p18.40( 94.35%)d 0.10( 0.52%) 0.0000 -0.2262 -0.0111 -0.0011 -0.1528 0.0156 0.0009 -0.0049 -0.0108 -0.0019 0.9585 0.0320 0.0017 0.0042 0.0699 -0.0006 -0.0141 0.0103 ( 77.73%) 0.8816* O 4 s( 0.35%)p99.99( 99.56%)d 0.26( 0.09%) 0.0000 -0.0592 -0.0029 0.0001 0.1579 -0.0001 0.0000 0.0183 -0.0031 0.0002 0.9850 0.0090 -0.0015 0.0024 -0.0212 0.0206 -0.0047 -0.0010 从结果看C1-O4形成两个键：BD ( 1) C 1 - O 4 的主要成分是2s和2px BD ( 2) C 1 - O 4 的主要成分是2pz 是不是可以认为BD ( 2) C 1 - O 4（pi键）电子主要来源于O原子2pz轨道上的孤对电子。 3.NHO 这部分应该如何解释呢？ Line of Centers Hybrid 1 Hybrid 2 --------------- ------------------- ------------------ NBO Theta Phi Theta Phi Dev Theta Phi Dev ======================================================================================== 1. BD ( 1) C 1 - H 2 77.0 114.5 83.3 112.4 6.6 -- -- -- 2. BD ( 1) C 1 - H 3 81.1 239.2 85.0 239.2 4.0 -- -- -- 3. BD ( 1) C 1 - O 4 86.2 353.6 71.5 356.5 15.0 78.9 170.8 15.1 4. BD ( 2) C 1 - O 4 86.2 353.6 172.1 7.4 86.1 170.9 185.6 77.4 5. BD ( 1) O 4 - H 5 95.5 63.9 93.4 63.0 2.3 -- -- -- 8. LP ( 1) O 4 -- -- 90.3 299.5 -- -- -- -- 4.O4是孤对电子提供给BD（C1 - O4）键电子的供体，二阶微扰理论分析中为什么没有关于LP（O4） 与 BD（C1 - O4）的作用情况呢 ？ Threshold for printing: 0.50 kcal/mol E(2) E(j)-E(i) F(i,j) Donor NBO (i) Acceptor NBO (j) kcal/mol a.u. a.u. =================================================================================================== within unit 1 1. BD ( 1) C 1 - H 2 / 52. BD*( 1) C 1 - O 4 1.89 0.88 0.036 1. BD ( 1) C 1 - H 2 / 53. BD*( 2) C 1 - O 4 1.96 0.51 0.028 1. BD ( 1) C 1 - H 2 / 54. BD*( 1) O 4 - H 5 0.51 1.02 0.020 2. BD ( 1) C 1 - H 3 / 32. RY*( 1) O 4 0.63 1.79 0.030 2. BD ( 1) C 1 - H 3 / 52. BD*( 1) C 1 - O 4 0.58 0.86 0.020 2. BD ( 1) C 1 - H 3 / 53. BD*( 2) C 1 - O 4 1.81 0.50 0.027 2. BD ( 1) C 1 - H 3 / 54. BD*( 1) O 4 - H 5 1.70 1.01 0.037 3. BD ( 1) C 1 - O 4 / 53. BD*( 2) C 1 - O 4 3.42 0.82 0.047 4. BD ( 2) C 1 - O 4 / 46. RY*( 2) H 5 1.16 1.95 0.043 4. BD ( 2) C 1 - O 4 / 52. BD*( 1) C 1 - O 4 1.61 0.72 0.030 5. BD ( 1) O 4 - H 5 / 9. RY*( 1) C 1 3.01 1.85 0.067 5. BD ( 1) O 4 - H 5 / 50. BD*( 1) C 1 - H 2 0.86 1.17 0.028 5. BD ( 1) O 4 - H 5 / 51. BD*( 1) C 1 - H 3 1.10 1.18 0.032 6. CR ( 1) C 1 / 22. RY*( 1) H 2 0.55 10.73 0.069 6. CR ( 1) C 1 / 24. RY*( 3) H 2 0.51 12.12 0.070 6. CR ( 1) C 1 / 27. RY*( 1) H 3 0.73 10.93 0.080 6. CR ( 1) C 1 / 52. BD*( 1) C 1 - O 4 0.81 10.51 0.082 6. CR ( 1) C 1 / 53. BD*( 2) C 1 - O 4 1.98 10.14 0.127 7. CR ( 1) O 4 / 9. RY*( 1) C 1 1.33 20.10 0.146 7. CR ( 1) O 4 / 11. RY*( 3) C 1 0.62 20.08 0.099 7. CR ( 1) O 4 / 48. RY*( 4) H 5 0.84 20.79 0.118 8. LP ( 1) O 4 / 10. RY*( 2) C 1 1.81 2.76 0.063 8. LP ( 1) O 4 / 45. RY*( 1) H 5 1.66 2.38 0.056 8. LP ( 1) O 4 / 50. BD*( 1) C 1 - H 2 2.24 1.04 0.043 8. LP ( 1) O 4 / 51. BD*( 1) C 1 - H 3 2.09 1.05 0.042  CH2OH.png [ Last edited by nnipp on 2013-10-14 at 15:29 ] |
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