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blueghost2

新虫 (小有名气)

[求助] 测序问题

我做的实验是重组载体的构建,双酶切验证都是对的,然后测序测了好多次,每次都是说有重叠现象导致不能测序,我问测序公司什么是重叠现象,他说样本中干扰较大测序失败,真是纠结都测了一个多月了,那位高人指点一下啊!!!!!!急急急!!!!!
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nuoyaeva

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
blueghost2: 金币+5, 有帮助 2013-10-10 10:27:47
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-10 12:21:12
引用回帖:
5楼: Originally posted by blueghost2 at 2013-10-09 17:57:09
应该不是,我PCR验证时的条带就一条,你能自己测序?...

我们实验室有部分实验会涉及检测突变情况,所以我们自己有2台测序仪器。我看了楼上说的,其中第二点,如果PCR产物很干净,那测序基本就不会有问题,可排除;至于回纹结构,那个更不是问题了,我经常检测B细胞S区和V区的突变情况,基本上属于重复序列最多的sequence,的确回纹结构以及重复序列会产生干扰,但是不会完全测不出来,我觉得也不太可能是这种情况。想来想去,觉得只有这种分子量基本一致的isoform,或者是你样本不纯。
生活是美好的
7楼2013-10-09 20:19:12
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wuyao0513

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
换个公司测序吧,实在不行就双酶切后测你的酶切片段
2楼2013-10-09 11:13:53
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nuoyaeva

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-09 14:16:52
是不是你的目的蛋白有比较接近的isoform啊,我最近在构建一个质粒,双酶切没问题,但是把质粒做模板PCR的时候,隐约看到是两条相近的带重叠在一起。因为序列很接近,没办法分离开,然后测序的时候就经常测不出来,因为我是自己测序,所以我反复多次分节测序,才基本确定获得的目的条带是我需要的…
生活是美好的
3楼2013-10-09 11:47:12
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blueghost2

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wuyao0513 at 2013-10-09 11:13:53
换个公司测序吧,实在不行就双酶切后测你的酶切片段

换过一次,说是没信号
4楼2013-10-09 16:55:49
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