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海底的鱼0412

新虫 (小有名气)

[求助] 关于新分子gaussian输入文件、对称性、分子最小能量构型之间的矛盾

坛子里的各位大虫，本人最近在学习gaussian09，有几个问题：1.如果我想优化一个文献未报到的分子的结构，也就是说关于他的资料信息比较少，对于它的对称性点群信息和最优构型都未知的情况下，在建立输入文件的时候，还用考虑对称性限制么？（一个P原子连接三个相同基团）
2.如果对一个未知分子，如果设置对称性限制，让他属于某一点群，如果初始结构这样设置，那么优化出来的结构不也有对称性么，点群应该不变的是吧？但是这样一来，这种有对称性的结构一定是最优的结构么，会不会出现，如果一开始不设置对称性限制，那么优化出来的结构反而能量更低，结构更优？有对称性的分子一定能量最低？
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1楼 2013-10-05 10:07:46
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virtualzx

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-10-05 10:58:52
海底的鱼0412: 金币+5, ★有帮助 2013-10-06 14:42:17
优化之前一定要有对这个分子一定了解。

能量最低的结构不一定有最高的对称性，比如水，还有氨分子，都不具有分子可以具有的最高对称性，而只是携带一个子群。

即使不限制对称性，也要至少对分子的结构有一定预期才行。即使都是不限制对称性，从不同的几何开始优化也能得到不同的局部极小
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2楼2013-10-05 10:23:52
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海底的鱼0412

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-10-05 10:23:52
优化之前一定要有对这个分子一定了解。

能量最低的结构不一定有最高的对称性，比如水，还有氨分子，都不具有分子可以具有的最高对称性，而只是携带一个子群。

即使不限制对称性，也要至少对分子的结构有一定预 ...

但是在坛子里看了好久，也参考了一些资料，比较迷糊，都说如果输入文件有问题会计算的时候出错甚至得到错误的结果，我的最初结构是用动力学模拟退火方法得到的一个能量较低的构象而这个构象是不具有很好对称性的C1群，而gaussian输入文件是用chem3D转化而来的，没有对称性限制，那么我这样计算如果最后收敛的话是不是也可以认为是对的？
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3楼2013-10-05 10:37:16
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